NextSeq 550Dx. Instrumenta atsauces rokasgrāmata TIKAI IN VITRO DIAGNOSTIKAS NOLŪKIEM

Transkripts

1 NextSeq 550Dx Instrmenta atsaces rokasgrāmata gada janvāris ILLUMINA ĪPAŠUMS

2 Šī dokmenta n tā satra īpašmtiesības pieder kompānijai Illmina, Inc. n tās saistītajiem zņēmmiem ( Illmina ), n tos klientam paredzēts izmantot tikai līgmā noteiktajā veidā saistībā ar šajā dokmentā aprakstīto prodkt lietošan, n tie nav paredzēti citiem nolūkiem. Šo dokment n tā satr nedrīkst izmantot vai izplatīt nekādiem citiem nolūkiem n/vai citādi izziņot, atklāt vai reprodcēt jebkādā veidā bez iepriekšējas rakstiskas Illmina piekrišanas. Ar šo dokment Illmina nenodod nevien sav patent, preč zīmj, atortiesīb vai vispārīgo tiesīb licenci, kā arī nekādas līdzīgas jebkras trešās pses tiesības. Šajā dokmentā sniegtos norādījms ir stingri n precīzi jāievēro kvalificētiem n atbilstoši apmācītiem darbiniekiem, lai nodrošināt šeit aprakstītā prodkta(-) pareiz n droš lietošan. Pirms šī prodkta(-) lietošanas ir pilnībā jāizlasa n jāizprot viss šī dokmenta satrs. PILNĪBĀ NEIZLASOT UN PRECĪZI NEIEVĒROJOT VISUS ŠAJĀ DOKUMENTĀ IEKĻAUTOS NORĀDĪJUMUS, VAR RASTIES PRODUKTA(-U) BOJĀJUMI, PERSONU MIESAS BOJĀJUMI, TOSTARP LIETOTĀJU UN CITU PERSONU, UN CITA ĪPAŠUMA BOJĀJUMI, TURKLĀT TIKS ANULĒTAS VISAS PRODUKTAM(-IEM) PIEMĒROJAMĀS GARANTIJAS. ILLUMINA NEUZŅEMAS NEKĀDU ATBILDĪBU, KAS IZRIET NO NEPAREIZAS ŠAJĀ DOKUMENTĀ APRAKSTĪTĀ PRODUKTA(-U) (TOSTARP TĀ DAĻU VAI PROGRAMMATŪRAS) LIETOŠANAS Illmina, Inc. Visas tiesības patrētas. Visas preč zīmes ir Illmina, Inc. vai to attiecīgo īpašniek īpašms. Konkrēt informācij par preč zīmēm skatiet vietnē ii

3 Pārskatījm vēstre Dokments Datms Izmaiņ apraksts Dokments Nr v05 Dokments Nr v04 Dokments Nr v03 Dokments Nr v02 Dokments Nr v01 Dokments Nr v gada novembris gada aprīlis gada marts gada janvāris gada marts gada novembris Atjaninātas prasības, kas attiecas z pakalpojm kont lietotājvārdiem n parolēm. Atjanināta statsa josla, pievienojot papildinformācij par krāsām. Izveidota jana sadaļa Noklsējma izvades mapes iestatīšana. Pievienoti izvades mapes ceļ piemēri. Pievienota tracējmmeklēšanas informācija tīkla krātves kļūdām. Pievienota informācija par paroles derīgma termiņ. Atjanināta ES pilnvarotā pārstāvja adrese. Atjanināta Astrālijas sponsora adrese. Pievienota informācija par v2.5 (75 cikli) reaģent komplektiem. Pievienota informācija par v2.5 (300 cikli) reaģent komplektiem. Atjanināts papildresrs saraksts. Atzīmēts, ka šajā rokasgrāmatā sniegtie norādījmi par Local Rn Manager ir paredzēti izmantošanai instrmenta diagnostikas režīmā. Pievienoti norādījmi par atsāknēšan no izpētes režīma diagnostikas režīmā, pamatojoties z NextSeq vadības programmatūras (NCS) versij, kas instalēta izpētes režīma diskdziņos. Poga Izslēgšanas opcijas labota z pog Atsāknēt/Izslēgt. Labota kārtība, kādā var pāriet z Windows, pievienojot soli, krā tiek atlasīts Atsāknēt/Izslēgt. Sadaļā Sistēmas iestatījm pielāgošana pievienota informācija par Illmina Proactive zradzības pakalpojm. Atjanināti norādījmi sadaļā Gaisa filtra nomaiņa. Mainītas atsaces z bāz noteikšanas vienm failiem no *.bcl z *.bcl.bgzf, lai precizēt, ka faili ir saspiesti. Atjanināti norādījmi par to, kā novērst Obligātās programmatūras sistēmas pārbades kļūd. Pievienots Astrālijas normatīvais marķējms. Sākotnējais laidiens. iii

4 Satrs Pārskatījm vēstre iii 1. nodaļa. Pārskats 1 Sekvencēšanas iespējas 1 Papild resrsi 1 Instrmenta komponenti 2 Sekvencēšanas palīgmateriāl pārskats 4 Lietotāja nodrošināti palīgmateriāli n aprīkojms 7 2. nodaļa. NextSeq 550Dx programmatūra 9 NextSeq 550Dx programmatūras pārskats 9 Local Rn Manager pārskats 11 Lietotāj paroles nodaļa. Darba sākšana 18 Instrmenta ieslēgšana 18 Sistēmas iestatījm pielāgošana 19 Atsāknēšanas n izslēgšanas opcijas nodaļa. Sekvencēšana 23 Ievads 23 Sekvencēšanas darbplūsma 24 Izpildes izveide programmatūrā Local Rn Manager 24 Reaģent kasetnes sagatavošana 25 Plūsmas šūnas sagatavošana 25 Bibliotēkas sagatavošana sekvencēšanai 25 Bibliotēk ievietošana reaģent kasetnē 26 Sekvencēšanas cikla iestatīšana 26 Cikla progresa zradzība 32 Izpildes n parag dat skatīšana 33 Iespējamie izpildes stāvokļi 35 Analīzes atkārtota ievietošana rindā vai aptrēšana 36 Atomātiskā mazgāšana pēc izpildes nodaļa. Apkope 38 Ievads 38 Manālās mazgāšanas veikšana 38 Gaisa filtra nomaiņa 41 A. pielikms Local Rn Manager administratīvie iestatījmi n zdevmi 43 Ievads 43 Lietotāj pārvaldība 43 iv

5 Sistēmas iestatījmi 45 Modļa iestatījmi 47 Aditācijas pieraksti 47 B. pielikms Tracējmmeklēšana 50 Ievads 50 Sistēmas pārbade 50 Fail tracējmmeklēšana 52 Atomātiskās pārbades kļūd novēršana 53 Izlietoto reaģent tvertne ir pilna 54 RAID kļūdas ziņojms 54 Tīkla krātves kļūda 55 Sistēmas iestatījm konfigrēšana 55 C. pielikms Reāllaika analīze 57 Reāllaika analīzes pārskats 57 Reāllaika analīzes darbplūsma 58 D. pielikms Izvades faili n mapes 62 Sekvencēšanas izvades faili 62 Izvades mapes strktūra 65 Rādītājs 66 Tehniskā palīdzība 70 v

6 1. nodaļa. Pārskats Sekvencēšanas iespējas 1 Papild resrsi 1 Instrmenta komponenti 2 Sekvencēšanas palīgmateriāl pārskats 4 Lietotāja nodrošināti palīgmateriāli n aprīkojms 7 Sekvencēšanas iespējas Sekvencēšana ar agst carlaidi instrments NextSeq 550Dx nodrošina DNS bibliotēk sekvencēšan. Reāllaika analīze (RTA) veic attēl apstrādi n bāz nosakšan. Papildinformācij skatiet sadaļā Reāllaika analīze 57. lpp. Dat analīzes iespējas instrmentā izpildei noteiktie Local Rn Manager programmatūras analīzes modļi var analizēt izpildes dats. Divkārša sāknēšana instrmentā NextSeq 550Dx ir atsevišķi cietie diski, kas atbalsta diagnostikas (Dx) n izpētes (RUO) režīm. Papild resrsi Šī dokmentācija ir pieejama lejpielādei Illmina tīmekļa vietnē. Resrss NextSeq 550Dx instrmenta zstādīšanas vietas sagatavošanas rokasgrāmata (dokmenta nr ) NextSeq 550Dx instrment drošības n atbilstības rokasgrāmata (dokmenta nr ) RFID lasītāja atbilstības ceļvedis (dokmenta nr ) NextSeq 550Dx instrmenta izpētes režīma atsaces rokasgrāmata (dokmenta nr ) NextSeq 550 sistēmas rokasgrāmata (dokmenta nr ) BaseSpace palīdzība (help.basespace.illmina.com) Apraksts Sniedz informācij par laboratorijas telp specifikācijām, elektroinstalācijas prasībām n apkārtējās vides n apsvērmiem. Sniedz informācij par darbības drošības apsvērmiem, atbilstības paziņojmiem n instrmenta marķējm. Sniedz informācij par instrmenta RFID lasītāj, atbilstības sertifikātiem n drošības apsvērmiem. Sniedz informācij par instrmenta darbīb n tracējmmeklēšanas procedūrām. Izmantošanai, strādājot ar NextSeq 550Dx instrment izpētes režīmā, ar NextSeq vadības programmatūras (NCS) versij v3.0. Sniedz informācij par instrmenta darbīb n tracējmmeklēšanas procedūrām. Izmantošanai, strādājot ar NextSeq 550Dx instrment izpētes režīmā, ar NextSeq vadības programmatūras (NCS) versij v4.0 vai janāk versij. Sniedz informācij par BaseSpace TM sekvencēšanas centrmezgla izmantošan n pieejamajām analīzes iespējām. Illmina vietnē apmeklējiet NextSeq 550Dx instrmenta atbalsta lap, lai piekļūt dokmentācijai, programmatūras lejpielādēm, tiešsaistes apmācībai n bieži zdotajiem jatājmiem. 1

7 Instrmenta komponenti Instrments NextSeq 550Dx ietver skārienekrāna monitor, statsa josl n četrs nodalījms. 1. attēls. Instrmenta komponenti A B C D E F G Attēlveidošanas nodalījms sekvencēšanas izpildes gaitā ietver plūsmas šūn. Skārienekrāna monitors ļaj konfigrēt n iestatīt instrment, izmantojot vadības programmatūras saskarni. Statsa josla tiek norādīta krāsa, kas apzīmē instrmenta stats: notiek apstrāde (zila), jāpievērš zmanība (oranža), gatavs sekvencēšanai (zaļa), notiek inicializēšana (pārmaiņs zila n balta), vēl nav inicializēts (balta) vai nākamo 24 stnd laikā jāmazgā (dzeltena). Bfera nodalījms ietver bfera kasetni n izlietoto reaģent tvertni. Reaģenta nodalījms ietver reaģenta kasetni. Gaisa filtra nodalījms ietver gaisa filtr. Filtram var piekļūt no instrmenta aizmgres. Ieslēgšanas poga ieslēdz n izslēdz instrment n tā dator. Attēlveidošanas nodalījms Attēlveidošanas nodalījmā ir izvietota platforma ar trīs centrēšanas tapām plūsmas šūnas novietošanai. Kad plūsmas šūna ir ievietota attēlveidošanas nodalījmā, tā drvis tiek atomātiski aizvērtas n komponenti tiek ievietoti tiem paredzētajās vietās. Reaģenta n bfera nodalījmi Sekvencēšanas izpildes iestatīšanai instrmentā NextSeq 550Dx ir nepieciešama piekļve reaģenta nodalījmam n bfera nodalījmam, lai ievietot palīgmateriāls n iztkšot izlietoto reaģent tvertni. 2

8 2. attēls. Reaģenta n bfera nodalījmi A B C D E Reaģenta nodalījma drvis aizslēdz reaģenta nodalījm ar slēg, kas atrodas drvj kreisajā apakšējā stūrī. Reaģenta nodalījmā atrodas reaģenta kasetne. Reaģenta kasetne reaģenta kasetnē ir iepriekš iepildīts vienreiz lietojams palīgmateriāls. Bfera kasetne bfera kasetnē ir iepriekš iepildīts vienreiz lietojams palīgmateriāls. Izlietoto reaģent tvertne izlietotie reaģenti ir jāsavāc iznīcināšanai pēc katras izpildes. Bfera nodalījma drvis aizslēdz bfera nodalījm ar slēg, kas atrodas drvj kreisajā apakšējā stūrī. Gaisa filtra nodalījms Gaisa filtra nodalījmā atrodas gaisa filtrs, n tas atrodas instrmenta aizmgrē. Mainiet gaisa filtr ik pēc 90 dienām. Informācij par filtra nomaiņ skatiet sadaļā Gaisa filtra nomaiņa 41. lpp. Ieslēgšanas poga Barošanas poga NextSeq 550Dx priekšpsē ieslēdz instrment n instrmenta dator. Barošanas poga, atkarībā no instrmenta barošanas režīma, veic tālāk norādītās darbības. Pēc noklsējma NextSeq 550Dx tiek sāknēts diagnostikas režīmā. Informācij par instrmenta sākotnējo ieslēgšan skatiet sadaļā Instrmenta ieslēgšana 18. lpp. Informācij par instrmenta izslēgšan skatiet sadaļā Instrmenta izslēgšana 21. lpp. Barošanas režīms Instrmenta barošana ir atslēgta Instrmenta barošana ir ieslēgta Instrmenta barošana ir ieslēgta Darbība Uz īs brīdi nospiediet barošanas pog, lai ieslēgt strāvas padevi. Lai atslēgt strāvas padevi, z īs brīdi nospiediet barošanas pog. Lai apstiprināt normāl instrmenta izslēgšan, ekrānā tiek parādīts dialoglodzinš. Nospiediet barošanas pog n 10 sekndes triet to nospiest, lai izraisīt instrmenta n instrmenta datora piespied izslēgšan. Izmantojiet šo instrmenta izslēgšanas metodi tikai tādos gadījmos, kad tas nereaģē z standarta darbībām. PIEZĪME Instrmenta izslēgšana sekvencēšanas izpildes laikā nekavējoties aptr izpildes proces. Izpildes aptrēšana ir neatgriezeniska. Izpildei izmantotie materiāli nav izmantojami atkārtoti n attiecīgās izpildes dati netiek saglabāti. 3

9 Sekvencēšanas palīgmateriāl pārskats Sekvencēšanas palīgmateriāli, kas nepieciešami NextSeq 550Dx darbināšanai, tiek piegādāti atsevišķi vienreiz lietojamā komplektā. Katrā komplektā ir viena plūsmas šūna, reaģent kasetne, bfera kasetne n bibliotēkas atšķaidīšanas bferis. Papildinformācij skatiet NextSeq 550Dx agstas izvades reaģent komplekta v2 (300 cikli), NextSeq 550Dx agstas izvades reaģent komplekta v2.5 (300 cikli) vai NextSeq 550Dx agstas izvades reaģent komplekta v2.5 (75 cikli) iepakojma ieliktnī. Precīzai palīgmateriāl izsekošanai n savietojamībai plūsmas šūnā, reaģent kasetnē n bfera kasetnē tiek izmantota radiofrekvences identifikācija (RFID). UZMANĪBU! NextSeq 550Dx agstas izvades reaģenta v2.5 komplektiem ir nepieciešama NOS 1.3 vai janāka versija, lai instrments pieņemt v2.5 plūsmas šūn kasetni. Pirms parag n palīgmateriāl sagatavošanas atjaniniet programmatūr, lai novērst reaģent n/vai parag izniekošanas. PIEZĪME Sekvencēšanas palīgmateriāls glabājiet to kastēs, līdz tie gatavi izmantošanai. Sekvencēšanas palīgmateriāl obligātie zglabāšanas nosacījmi Vienība (1 vienā izpildē) Uzglabāšanas prasība Bibliotēkas atšķaidīšanas bferšķīdms No 25 C līdz 15 C Reaģent kasetne No 25 C līdz 15 C Bfera kasetne No 15 C līdz 30 C Plūsmas šūnas kasetne No 2 C līdz 8 C* * NextSeq 550Dx agstas izvades plūsmas šūnas kasetne v2.5 tiek piegādāta apkārtējās vides temperatūrā. Plūsmas šūnas pārskats 3. attēls. Plūsmas šūnas kasetne A B C Josl pāris A 1. n 3. josla Josl pāris B 2. n 4. josla Plūsmas šūnas kasetnes ietvars Plūsmas šūna ir z stikla bāzes veidots sbstrāts, z kra tiek ģenerēti klasteri n veikta sekvencēšanas reakcija. Plūsmas šūna ir ievietota plūsmas šūnas kasetnē. 4

10 Plūsmas šūna sastāv no četrām joslām, kras tiek attēlotas pa pāriem. 1. n 3. josla (josl pāris A) tiek attēlotas vienlaiks. 2. n 4. josla (josl pāris B) tiek attēlotas tad, kad ir pabeigta josl pāra A attēlveidošana. Lai arī plūsmas šūnai ir četras joslas, z tās tiek sekvencēta tikai viena bibliotēka vai apvienot bibliotēk komplekts. Bibliotēkas tiek ielādētas reaģent kasetnē no vienas tvertnes n atomātiski pārvietotas z visām četras plūsmas šūnas joslām. Katra josla tiek attēlota mazos attēlveidošanas lakmos, ko sac par elementiem. Papildinformācij skatiet sadaļā Plūsmas šūnas elementi 62. lpp. Reaģent kasetnes pārskats Reaģent kasetne ir vienreiz lietojams palīgmateriāls ar RFID izsekošanas birk n folijas noslēgtiem rezervāriem, kros ir iepriekš iepildīti klasterizācijas n sekvencēšanas reaģenti. 4. attēls. Reaģenta kasetne Reaģent kasetne ietver rezervār, krā var ievietot sagatavotas bibliotēkas. Kad izpilde ir sākta, bibliotēkas tiek atomātiski pārvietotas no rezervāra z plūsmas šūn. Daži rezervāri ir rezervēti tikai atomātiskai pēcizpildes mazgāšanai. Mazgāšanas šķīdm no bfera kasetnes pa sistēm noved z rezervētajiem rezervāriem n pēc tam z izlietoto reaģent tvertni. BRĪDINĀJUMS Šajā reaģent komplektā ir potenciāli bīstamas ķīmiskās vielas. Ieelpojot, norijot, saskaroties ar ād n saskaroties ar acīm, iespējams gūt tramas. Valkājiet aizsardzības līdzekļs, tostarp ac aizsargs, cimds n laboratorijas zsvārci, kas atbilst ietekmes riskam. Apejieties ar lietotiem reaģentiem kā ar ķīmiskiem atkritmiem n atbrīvojieties no tiem saskaņā ar piemērojamiem reģionālajiem, valsts n vietējiem likmiem n noteikmiem. Papildinformācij par vidi, veselīb n drošīb skatiet drošības dat lapā vietnē spport.illmina.com/sds.html. 5

11 Rezervētie rezervāri 5. attēls. Nmrētie rezervāri Pozīcija Apraksts 7, 8 n 9 Rezervēti pielāgotajiem izvēles praimeriem 10 Load libraries (Izmantots bibliotēk ievietošanai) Noņemama tvertne 6. pozīcijā Iepriekš zpildītās reaģent kasetnes 6. pozīcijā atrodas denatrēšanas reaģents, kas satr formamīd. Lai atvieglot droš neizlietotā reaģenta iznīcināšan pēc sekvencēšanas izpildes, 6. pozīcijas rezervārs ir noņemams. Papildinformācij skatiet sadaļā Izlietotā rezervāra izņemšana no 6. pozīcijas 30. lpp. Bfera kasetnes pārskats Bfera kasetne ir vienreizlietojams palīgmateriāls, kas satr trīs rezervārs, kas iepriekš piepildīti ar bferiem n mazgāšanas šķīdm. Bfera kasetnes satrs ir pietiekams vienas plūsmas šūnas sekvencēšanai. 6. attēls. Bfera kasetne 6

12 Bibliotēkas atšķaidīšanas bfera pārskats Bibliotēkas atšķaidīšanas bferis atrodas NextSeq 550Dx piederm lodziņā. Lai sasniegt ieteicamos klaster blīvms, pēc nepieciešamības, saskaņā ar bibliotēk sagatavošanas nosacījmiem, izmantojiet bferi bibliotēk atšķaidīšanai. Lietotāja nodrošināti palīgmateriāli n aprīkojms Palīgmateriāl sagatavošanai, sekvencēšanai n instrment apkopei tiek izmantoti trpmāk norādītie palīgmateriāli n aprīkojms. Palīgmateriāli sekvencēšanai Palīgmateriāls Piegādātājs Nolūks Spirta salvetes, 70% izopropanols vai etanols, 70% Laboratorijas mazplūksn salvetes VWR, nr. katalogā: (vai līdzvērtīgs izstrādājms) Vispārīgais laboratorijas piegādātājs VWR, nr. katalogā: (vai līdzvērtīgs izstrādājms) Plūsmas šūn tīrīšanai n vispārīgam pielietojmam Plūsmas element tīrīšanai n vispārīgam pielietojmam Palīgmateriāli apkopei n problēm novēršanai Palīgmateriāls Piegādātājs Nolūks NaOCl, 5% (nātrija hipohlorīts) Tween 20 Ūdens, laboratorijas kvalitāte Gaisa filtrs Aprīkojms Sigma-Aldrich, nr. katalogā (vai laboratorijas kvalitātes ekvivalents) Sigma-Aldrich, nr. katalogā P7949 Vispārīgais laboratorijas piegādātājs Illmina, nr. katalogā Instrmenta mazgāšana, izmantojot manālo mazgāšan pēc izpildes; atšķaidīts līdz 0,12% Instrmenta mazgāšana, izmantojot manālās mazgāšanas iespējas; atšķaidīts līdz 0,05% Instrmenta mazgāšana (manālā mazgāšana) Gaisa tīrīšana, ko instrments ievada dzesēšanai Ierīce Saldētava, no 25 C līdz 15 C, bez apsarmojma Ledsskapis, no 2 C līdz 8 C Avots Vispārīgais laboratorijas piegādātājs Vispārīgais laboratorijas piegādātājs 7

13 Vadlīnijas par laboratorijas klases ūdeni Vienmēr izmantojiet laboratorijas klases ūdeni vai dejonizēt ūdeni, lai veikt procedūras ar instrment. Nekad neizmantojiet krāna ūdeni. Izmantojiet tikai tālāk norādīto vai līdzvērtīg klaš ūdeni: dejonizēts ūdens; Illmina PW1; 18 megom (MΩ) ūdens; Milli-Q ūdens; Sper-Q ūdens; moleklārās bioloģijas klases ūdens. 8

14 2. nodaļa. NextSeq 550Dx programmatūra NextSeq 550Dx programmatūras pārskats 9 Local Rn Manager pārskats 11 Lietotāj paroles 16 NextSeq 550Dx programmatūras pārskats Šajā nodaļā aprakstītā programmatūra tiek izmantota, lai konfigrēt, darbināt n analizēt NextSeq 550Dx instrmenta dats. Instrmenta programmatūrā ir integrētas lietojmprogrammas, kas veic sekvencēšanas izpildes. Programmatūras atjaninājms veic Illmina personāls. Local Rn Manager programmatūra integrēts programmatūras risinājms izpildes izveidošanai n rezltāt analīzei (sekndārā analīze). Programmatūra kontrolē arī lietotāj atļajas. Papildinformācij skatiet sadaļā Local Rn Manager pārskats 11. lpp. NextSeq 550Dx operētājsistēma (NOS) kontrolē instrmenta darbīb. Programmatūra ir iepriekš instalēta NextSeq 550Dx, n tā darbojas instrmentā. NOS veic izpildi atbilstoši parametriem, kas norādīti Local Rn Manager programmatūras modlī. Pirms sekvencēšanas izpildes jūs atlasāt izpildi, kr esat izveidojis, izmantojot Local Rn Manager. NOS programmatūras saskarne sniedz informācij par darbībām, kas veicamas plūsmas šūnas n reaģent ievietošanai. Izpildes laikā programmatūra darbina plūsmas šūnas posm, izdala reaģents, kontrolē šķidrms, iestata temperatūr, zņem plūsmas šūnas klaster attēls n sniedz kvalitātes statistikas vizāl kopsavilkm. Izpildi varat zradzīt, izmantojot NOS vai Local Rn Manager. Reāllaika analīzes (RTA) programmatūra RTA izpildes laikā veic attēl analīzi n bāz noteikšan, ko dēvē arī par primāro analīzi. Papildinformācij skatiet sadaļā Reāllaika analīze 57. lpp. Nepieciešamā vieta diskā Integrētajam instrmenta datoram ir aptveni 1,5 TB atmiņa. Pirms izpildes sākšanas programmatūra pārbada pieejamo viet diskā. Nepieciešamā vieta diskā ir atkarīga no Local Rn Manager analīzes modļa. Ja izpildei nepietiek vietas diskā, tiek parādīta programmatūras zvedne. Ziņojms norāda, cik dadz vietas diskā ir nepieciešams izpildei n cik dadz vietas diskā ir jāatbrīvo, pirms izpildi varēs trpināt. Ja diskā nepietiek vietas, dzēsiet izpildes mapes, kras nav jāanalizē atkārtoti programmatūrā Local Rn Manager. Papildinformācij skatiet sadaļā Izpildes mapes dzēšana 16. lpp. 9

15 Statsa ikonas Statsa ikona NOS agšējā labajā stūrī norāda z visām apstākļ izmaiņām izpildes iestatīšanas laikā vai tās gaitā. Statsa ikona Statsa nosakms Stats OK (Statss ir kārtībā) Apstrāde Apraksts Sistēma ir normāla. Sistēmā notiek apstrāde. Brīdinājms Ir notiksi brīdinājma sitācija. Brīdinājmi neaptr izpildi n nepieprasa rīcīb pirms trpināšanas. Kļūda Ir radsies kļūda. Pirms trpināt izpildi, ir jāveic kāda darbība. Nepieciešama apkope Ir notiksi sitācija, krai jāpievērš zmanība. Papildinformācij skatiet paziņojmā. Kad notiek stāvokļa maiņa, ikona mirgo, lai jūs brīdināt. Atlasiet ikon, lai skatīt stāvokļa aprakst. Atlasiet Acknowledge (Atzīt), lai pieņemt paziņojm, n Close (Aizvērt), lai aizvērt dialoglodziņ. PIEZĪME Paziņojma apstiprināšana atiestata ikon, n paziņojms ir pelēks. Paziņojms joprojām ir redzams lietotājiem, ja viņi izvēlas ikon, tač pazūd, kad NOS tiek restartēts. Navigācijas joslas ikonas NOS minimizēšanas ikona atrodas operētājsistēmas programmatūras saskarnes agšējā labajā stūrī n ir redzama tikai lietotājiem administratoriem. Piekļves ikona Ikonas nosakms Atteikties Apraksts Atlasiet, lai atteiktos programmatūrā. Minimizēt programmatūr NOS Atlasiet, lai minimizēt programmatūr NOS n piekļūt Windows lietojmprogrammām n mapēm. Šī ikona ir redzama tikai lietotājiem administratoriem. 10

16 NOS sākma ekrāns NOS sākma ekrānā ir četras tālāk aprakstītās ikonas. Sekvencēt atlasiet, lai sākt sekvencēšanas izpildi no iepriekš definēt izpilž saraksta. Local Rn Manager atlasiet, lai palaist Local Rn Manager n izveidot izpildi, zradzīt izpildes stats, analizēt sekvencēšanas dats n skatīt rezltāts. Skatiet sadaļ Local Rn Manager pārskats 11. lpp. Pārvaldīt instrment atlasiet, lai kontrolēt sistēmas iestatījms, atsāknēt izpētes režīmā vai izslēgt instrmenta programmatūr. Veikt mazgāšan atlasiet, lai veikt ātro mazgāšan vai manālo mazgāšan pēc izpildes. Local Rn Manager pārskats Programatūra Local Rn Manager ir instrmentā integrēts risinājms, kas paredzēts, lai izveidot izpildi, pārradzīt stats, analizēt sekvencēšanas dats n skatīt rezltāts. Šajā rokasgrāmatā sniegtie norādījmi par Local Rn Manager attiecas z instrmenta diagnostikas režīm. Šajā sadaļā sniegtā informācija aptver vispārējo Local Rn Manager fnkcionalitāti. Dažas iespējas var nebūt piemērojamas visiem analīzes modļiem. Informācij par specifiskām modļa iespējām skatiet atbilstošajā Local Rn Manager rokasgrāmatā. Programmatūrai Local Rn Manager ir tālāk norādītās fnkcijas. Darbojas kā pakalpojms instrmenta datorā n sasaistās ar instrmenta operētājsistēmas programmatūr. Reģistrē sekvencēšanai paredzēts parags. Nodrošina izpildes iestatīšanas saskarni, kas rakstrīga analīzes modlim. Veic virkni analīzes darbīb, kas rakstrīgas atlasītajam analīzes modlim. Pēc analīzes pabeigšanas parāda analīzes rādītājs tabl n diagramm veidā. Local Rn Manager skatīšana Local Rn Manager saskarni var apskatīt NOS vai tīmekļa pārlūkprogrammā. Atbalstītā tīmekļa pārlūkprogramma ir Chromim. 11

17 PIEZĪME Ja izmantojat neatbalstīt pārlūkprogramm, lejpielādējiet atbalstīto pārlūkprogramm, kad tiek parādīta zvedne ar ziņojm Confirm Unspported Browser (Apstiprināt neatbalstīt pārlūkprogramm). Atlasiet here (šeit), lai lejpielādēt atbalstīto Chromim versij. Skatīšana tīklam pievienotā datorā Datorā, kam ir piekļve tam pašam tīklam, kram ir pievienots instrments, atveriet tīmekļa pārlūk Chromim n izveidojiet savienojm, izmantojot instrmenta IP adresi vai instrmenta nosakm. Piemēram, Skatīšana instrmenta monitorā Lai Local Rn Manager saskarni skatīt instrmenta monitorā, atlasiet kād no tālāk norādītajām opcijām. NOS sākma ekrānā atlasiet programmatūr Local Rn Manager. Kad darbība ir pabeigta, labajā agšējā stūrī noklikšķiniet z simbola X, lai atgrieztos programmatūrā NOS. Minimizējiet NOS log n pēc tam instrmentā atveriet tīmekļa pārlūk Chromim. Adreses joslā ievadiet NOS log var minimizēt tikai administratori. Sekvencēšana analīzes laikā Sistēmas NextSeq 550Dx skaitļošanas resrsi ir paredzēti sekvencēšanai vai analīzei.ja sistēmā NextSeq 550Dx ir nepieciešams palaist jan sekvencēšanas izpildi, pirms ir pabeigta iepriekšējās izpildes sekndārā analīze, lietotājs var atcelt sekndāro analīzi programmatūrā Local Rn Manager n pēc tam sākt jan sekvencēšanas izpildi. Lai atsākt analīzi programmatūrā Local Rn Manager, izmantojiet Local Rn Manager saskarnes līdzekli Reqee (Atkārtoti ievietot rindā), kad janā sekvencēšanas izpilde ir pabeigta. Tajā brīdī sekndārā analīze tiek sākta no jana. Skatiet sadaļ Analīzes atkārtota ievietošana rindā vai aptrēšana 36. lpp. Local Rn Manager darbplūsma Izveidojiet izpildi, izmantojot Local Rn Manager saskarni. Katra analīzes modļa īpašās darbības ir atšķirīgas, tāpēc skatiet instrkcijas soli pa solim izmantotā analīzes modļa darbplūsmas rokasgrāmatā. Izmantojot NOS, atlasiet plānoto izpildi, ievietojiet palīgmateriāls n sāciet izpildi. Local Rn Manager ielādē norādīto analīzes modli n veic dat analīzi, ja tā attiecināma. Izmantojot Local Rn Manager saskarni, atlasiet pabeigt izpildi, lai apskatīt rezltāt lap. 12

18 Informācijas paneļa pārskats Pēc pieteikšanās programmatūrā Local Rn Manager tiek atvērts informācijas panelis. Izmantojot informācijas paneli, varat veikt šāds zdevms: izsekot sekvencēšanas n analīzes statsam; kārtot n filtrēt izpildes; izveidot n rediģēt izlaides; pārtrakt analīzi vai ievietot to atkārtoti rindā; skatīt analīzes rezltāts; slēpt izpildes; atzīmēt izpildes; pārvaldīt izpildes mapi. Informācijas panelī ir zskaitītas visas izpildes, kas veiktas ar instrment, 10 izpildes vienā lappsē. Lap ritināšanai izmantojiet navigācijas bltiņas saraksta apakšā. Katrā zskaitītajā izpildē ir iekļats izpildes nosakms, analīzes modlis, izpildes statss n datms, kad pēdējo reizi tika veiktas izpildes izmaiņas. Lai kārtot izpildes, noklikšķiniet z kolonn nosakmiem. Rn Name / ID (Izpildes nosakms/id) saraksta veidā parāda piešķirto izpildes nosakm n saites z izpildes rezltāt lapām. Kad analīze ir pabeigta, analīzes mapes nosakms tiek pievienots izpildes nosakma kolonnā. Modle (Modlis) saraksta veidā parāda analīzes modli, kas piešķirts izpildei. Stats (Statss) saraksta veidā parāda izpildes stats n ietver progresa statsa josl. Papildinformācij skatiet sadaļā Iespējamie izpildes stāvokļi 35. lpp. Last ModifIed (Pēdējoreiz modificēts) saraksta veidā norāda datm n laik, kad pēdējo reizi veiktas izpildes vai analīzes sesijas izmaiņas. Pēc noklsējma lapa Active Rns (Aktīvas izpildes) ir sakārtota šajā kolonnā. Local Rn Manager ikonas Programmatūrā Local Rn Manager dažād zdevm veikšanai tiek izmantotas tālāk norādītās ikonas. Ņemiet vērā to, ka, atkarībā no ekrāna izmēra, dažas ikonas ir apkopotas zem ikonas (Papild opcijas). Ikona Nosakms Apraksts More options Kopēt starpliktvē Dzēst izpildes mapi Rediģēt Mainīt izvades mapes atrašanās viet Laks tiek kopēts datora starpliktvē. Izdzēš dats no izpildes, lai atbrīvot viet cietajā diskā. Ļaj rediģēt izpildes parametrs pirms sekvencēšanas. Ļaj rediģēt izpildes mapes atrašanas ceļ. 13

19 Ikona Nosakms Apraksts Rediģēt lietotājs Eksportēt Slēpt izpildi Bloķēts Ļaj rediģēt paroles n lietotājs. Komanda vienm eksportēšanai. Pārvieto izpildi no aktīvo izpilž lapas z slēpto izpilž lap. Skatiet slēptās izpildes, izmantojot izvēlni aktīvo izpilž lapas apakšējā labajā stūrī. Norāda, ka izpilde tiek sekvencēta vai cits lietotājs rediģē izpildi citā pārlūka sesijā. Papild opcijas Piesprašana Atjanot izpildi Izpildes mapes atkārtota pievienošana Atkārtoti ievietot rindā Izpilde ir piesprasta Izpilde dzēsta Izvades mapes atrašanās vietas saglabāšana Meklēt Rādīt filtrs Aptrēt analīzi Atsprast Lietotājs Noteiktie brīdinājmi Informācijas panelī tiek atvērtas pieejamās ieraksta veikšanas iespējas. Atkarībā no ekrāna lielma, pnkti var izskatīties apaļāki. Piespraž izpildi aktīvo izpilž lapā, lai novērst izpildes mapes izdzēšan. Pārvieto izpildi no slēpto izpilž lapas z aktīvo izpilž lap. Ļaj atkārtoti pievienot izpildi pēc tam, kad ir atjanota izdzēstā izpildes mape. Pēc tam izpildi iespējams atkārtoti ievietot rindā z analizēšan. Atsāk atlasītās izpildes analīzi. Norāda z to, ka izpilde ir piesprasta aktīvo izpilž lapā. Norāda z izdzēst izpildi. Saglabā izvades izpildes mapes atrašanas ceļā veiktās izmaiņas. Atver meklēšanas lak, lai meklēt izpilž nosakms n parag ID. Atkarībā no ekrāna lielma, ikon iespējams saīsināt zem papild opcij ikonas. Parāda filtrs. Aptr analīzi, izmantojot Local Rn Manager modli. Atspraž izpildi. Tiek atvērta lietotāja konta izvēlne. Skatiet paziņojma tekst, lai iepazītos ar informācij par brīdinājmiem. Lapa Active Rns (Aktīvās izpildes) Tiek atvērts informācijas panelis, lai parādīt lap Active Rns (Aktīvās izpildes). Lapas Active Rns (Aktīvās izpildes) agšdaļā aktīvo izpilž kopsavilkms norāda izpilž skait katrā no tālāk norādītajām izpildes statsa kategorijām. Lai filtrēt aktīvās izpildes pēc statsa, noklikšķiniet z skaitļa. Ready (Gatavs) norāda, ka izpilde ir sagatavota sekvencēšanai. In Progress (Ir procesā) norāda, ka izpilde ir sekvencēšanas vai dat analīzes procesā. Stopped or Unsccessfl (Aptrēts vai nesekmīgs) norāda, ka analīze tika pārtrakta manāli vai arī analīze bija nesekmīga. Complete (Pabeigts) norāda, ka analīze ir sekmīgi pabeigta. Total (Kopējais) kopējais izpilž skaits lapā Active Rns (Aktīvās izpildes). 14

20 Izpilž filtrēšana 1 Lai filtrēt lap Active Rns (Aktīvās izpildes), kā norādīts trpmāk, aktīvo izpilž kopsavilkmā noklikšķiniet z izpildes statsa kategorijas. Ready (Gatavs) filtrē sarakst, lai parādīt tikai tādas izpildes, kas ir gatavas sekvencēšanai. In Progress (Ir procesā) filtrē sarakst, lai parādīt tikai tās izpildes, kas tiek veiktas. Stopped of Unsccesfl (Aptrēts vai nesekmīgs) filtrē sarakst, lai parādīt tikai tās izpildes, kas ir apstādinātas vai nesekmīgas. Complete (Pabeigts) filtrē sarakst, lai parādīt tikai pabeigtās izpildes. Total (Kopējais) noņem filtrs n parāda visas aktīvās izpildes. Izpilž slēpšana n atjanošana 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas n pēc tam noklikšķiniet z Hide (Paslēpt). 2 Kad zvedne piedāvā apstiprināt pārvietošan, noklikšķiniet z Hide (Paslēpt). Izpilde tiek pārvietota z lap Hidden Rns (Slēptās izpildes). 3 Lai parādīt lap Hidden Rns (Slēptās izpildes), noklikšķiniet z nolaižamās bltiņas n atlasiet Hidden Rns (Slēptās izpildes). 4 Lapā Hidden Rns (Slēptās izpildes) noklikšķiniet z atjanošanas ikonas. 5 Kad zvedne piedāvā apstiprināt pārvietošan, noklikšķiniet z Restore (Atjanot). Izpilde tiek atjanota lapā Active Rns (Aktīvās izpildes). 6 Lai parādīt lap Active Rns (Aktīvās izpildes), noklikšķiniet z nolaižamās bltiņas Slēptās izpildes n atlasiet Active Rns (Aktīvās izpildes). Izpilž vai parag meklēšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z meklēšanas ikonas. 2 Meklēšanas lakā ievadiet izpildes nosakm vai paraga ID. Rakstot parādās meklēšanas vaicājm saraksts ar iespējamām atbilstībām. 3 Izvēlieties atbilstīb no saraksta vai nospiediet Enter (Ievadīt). Ja meklējāt izpildes nosakm, tiek atvērta cilne Rn Overview (Izpildes kopsavilkms). Ja meklējāt paraga ID, atveras cilne Samples and Reslts (Paragi n rezltāti). Papildinformācij skatiet sadaļā Izpildes n parag dat skatīšana 33. lpp. Izpildes rediģēšana 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas blaks izpildes nosakmam, kr vēlaties rediģēt. 2 Noklikšķiniet z Edit (Rediģēt). 3 Kad zvedne piedāvā apstiprināt darbīb, noklikšķiniet z Contine (Trpināt). 4 Izpildes parametrs rediģējiet pēc nepieciešamības. 5 Kad tas ir izdarīts, noklikšķiniet z Save Rn (Saglabāt izpildi). Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) ir atjanināti izpildes pēdējoreiz modificētie datmi. 15

21 Izpildes atzīmēšana Atzīmētās izpildes nevar dzēst vai slēpt. Izpildi nevar atzīmēt, ja tā ir slēpta vai tās izpildes mape ir izdzēsta. 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas līdzās izpildei. 2 Atlasiet Pin (Atzīmēt). Ir atspējotas opcijas Delete Rn Folder (Dzēst izpildes mapi) n Hide (Slēpt). Iespēj Pin (Atzīmēt) aizstāj iespēja Unpin (Noņemt atzīmi). Izpildes mapes dzēšana Izpildes mapes var dzēst manāli, lai tādējādi pārvaldīt brīv viet atmiņā. Izpildi nevar piesprast, n izpildes stāvoklim jāatbilst vienam no tālāk norādītajiem. Sekvencēšana pabeigta Primārā analīze pabeigta Primārā analīze nesekmīga Sekvencēšanas kļūda Analīzes kļūda Analīze pabeigta Sekvencēšana pārtrakta Analīze pārtrakta 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas blaks izpildes nosakmam, kr vēlaties dzēst. 2 Atlasiet Delete Rn Folder (Dzēst izpildes mapi). Opcija Delete Rn Folder (Dzēst izpildes mapi) tiek aizstāta ar opcij saistīt izpildes mapi). Izpildē tiek parādīta ikona Rn Deleted (Izpilde dzēsta). Izpildes mapes atkārtota saistīšana Tikai administrators var atkārtoti saistīt dzēstās izpildes mapes. Relink Rn Folder (Atkārtoti 1 Kopējiet izpildes mapi atpakaļ z tās sākotnējo viet. Ja izpilde nav saglabāta tās sākotnējā vietā, pēc atjanošanas mēģinājma programmatūrā tiek parādīts kļūdas ziņojms. 2 Novietojiet krsor virs papild opcij ikonas blaks izpildes nosakmam. 3 Atlasiet Relink Rn Folder (Atkārtoti saistīt izpildes mapi). 4 Apstipriniet darbīb, lai atjanot izpildi. Izpilde tiek atjanota tādā stāvoklī, kādā tā bija pirms izpildes mapes dzēšanas. Lietotāj paroles Lai piekļūt programmatūras Local Rn Manager saskarnei, jms ir nepieciešams derīgs lietotājvārds n parole, ar ko pieteikties sistēmā. Tikai lietotājs ar administratora tiesībām var piešķirt lietotājam akreditācijas dats. 16

22 PIEZĪME Lietotāj konti ir piesaistīti konkrētam instrmentam. Lietotāj paroles nav niversāli izmantojamas vairākiem instrmentiem. Kad jūs parole tvojas derīgma termiņam, saskarnes agšpsē parādās ziņojms, kas atgādina par paroles atiestatīšan. Mans konts Lapā Mans konts (Mans konts) jūs varat apskatīt sav lietotājvārd, piešķirto lom, atļajas n mainīt paroli. Pēc tam, kad pirmo reizi esat pieteicies, logā My Accont (Mans konts) jebkrā laikā varat nomainīt esošo paroli. Jūs pašreizējā parole tiek šifrēta. Tāpēc jms jāzina sava pašreizējā parole, lai to nomainīt z jan. Aizmirstām parolēm nepieciešama sistēmas administratora vai lietotāja ar administratora tiesībām palīdzība. Paroļ stāvokļi Iespējamie paroles stāvokļi ir norādīti tālāk. Temporary password (Pagaid parole) kad lietotājs ar administratora tiesībām izveido lietotāja kont, janajam lietotājam tiek piešķirta pagaid parole. User password (Lietotāja parole) pirmo reizi piekļūstot sistēmai, jans lietotājs pieteikšanās ekrānā tiek aicināts mainīt pagaid paroli z lietotāja piešķirto paroli. Forgotten password (Aizmirsta parole) ja lietotājs aizmirst paroli, lietotājs ar administratora tiesībām var atkārtoti piešķirt pagaid paroli, kr var mainīt nākamās piekļves laikā. Used password (Izmantotā parole) jebkrš lietotājs var izmantot vien n to paš paroli ne ātrāk kā pēc pieciem paroļ cikliem. User lockot (Lietotāja konta bloķēšana) lietotāja ar administratora tiesībām konfigrēts pieteikšanās mēģinājm skaits, izmantojot nederīg paroli. Ja lietotājs pārsniedz atļato mēģinājm skait, lietotāja konts tiek bloķēts. Tikai lietotājs ar administratora tiesībām var atbloķēt kont vai piešķirt pagaid paroli. Paroles maiņa 1 Navigācijas joslā saskarnes agšpsē noklikšķiniet z lietotāja ikonas blaks savam vārdam. PIEZĪME Atkarībā no ekrāna lielma, krā skatāt programmatūr, izvēlne User (Lietotājs) zem izvēlnes More Options (Papild opcijas). 2 Nolaižamajā sarakstā noklikšķiniet z My Accont (Mans konts). var būt saspiesta 3 Sadaļā Password (Parole) noklikšķiniet z rediģēšanas ikonas. 4 Lakā Old Password (Vecā parole) ievadiet veco paroli. 5 Lakā New Password (Janā parole) ievadiet jano paroli. 6 Lakā Confirm New Password (Apstiprināt jano paroli) atkārtoti ievadiet jano paroli. 7 Noklikšķiniet z Save (Saglabāt). 17

23 3. nodaļa. Darba sākšana Instrmenta ieslēgšana 18 Sistēmas iestatījm pielāgošana 19 Atsāknēšanas n izslēgšanas opcijas 21 Instrmenta ieslēgšana Pagrieziet ieslēgšanas tmblera slēdzi pozīcijā I (ieslēgts). 7. attēls. Jadas slēdzis instrmenta aizmgrē 1 Nospiediet barošanas pog virs reaģenta nodalījma. Barošanas poga nodrošina strāvas padevi z instrment n ieslēdz instrmentā integrēto dator n programmatūr. 8. attēls. Barošanas poga instrmenta priekšpsē 2 Pagaidiet, līdz operētājsistēma ir pabeigsi ielādi. NextSeq 550Dx vadības programmatūra (NOS) atomātiski palaiž sistēm n inicializē to. Pēc tam, kad inicializēšana ir pabeigta, tiek atvērts sākma ekrāns. 3 Ievadiet sav Local Rn Manager lietotāja vārd n paroli. Informācij par parolēm skatiet sadaļā Lietotāj paroles 16. lpp. Informācij par Local Rn Manager konta izveidošan skatiet sadaļā Ievads 43. lpp. 4 Atlasiet Login (Pieteikšanās). Tiek atvērts sākma ekrāns ar sekvences, Local Rn Manager, instrmenta pārvaldības n mazgāšanas izpildes ikonām. 18

24 Instrmenta režīm indikatori NextSeq 550Dx noklsējma režīms ir diagnostikas režīms. Šādi tiek parādīts instrmenta režīms NOS ekrānā. Režīms Sākma ekrāns Krās josla Statsa ikonas orientācija Diagnostikas režīms Esiet sveicināti NextSeqDx Zils Horizontāli Izpētes režīms Esiet sveicināti NextSeq Oranžs Vertikāli Sistēmas iestatījm pielāgošana Operētājprogrammatūrā ir pielāgojami sistēmas iestatījmi instrmenta identifikācijai, ievades izvēles, adio iestatījmi n izvades mapes atrašanās vieta. Informācij par to, kā mainīt tīkla konfigrācijas iestatījms, skatiet sadaļā Sistēmas iestatījm konfigrēšana 55. lpp. Pielāgošanas iespējas: instrmenta identifikācijas (avatāra n segvārda) pielāgošana; ievades opcijas n adio indikatora iestatīšana; izpildes iestatīšanas opcij iestatīšana; izslēgšanas opcijas; instrmenta iedarbināšanas konfigrēšana pēc pārbades pirms izpildes; izvēle nosūtīt instrmenta veiktspējas dats Illmina; izpildes izvades mapes nozīmēšana. Instrmenta avatāra n segvārda pielāgošana 1 Sākma ekrānā atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet System Cstomization (Sistēmas pielāgošana). 3 Lai savam instrmentam piešķirt vēlamo avatāra attēl, atlasiet Browse (Pārlūkot) n sameklējiet attēl. 4 Lakā Instrmenta segvārds ievadiet vēlamo instrmenta nosakm. 5 Lai saglabāt iestatījms n pāriet nākamajā ekrānā, atlasiet Save (Saglabāt). Attēls n nosakms tiek attēlots katra ekrāna agšējā kreisajā stūrī. Tastatūras iestatīšanas opcija n adio indikators 1 Sākma ekrānā atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet System Cstomization (Sistēmas pielāgošana). 3 Atzīmējiet izvēles rūtiņ Use on-screen keyboard (Izmantot ekrāntastatūr), lai aktivizēt ekrāntastatūr, ko lietot dat ievadei instrmentā. 4 Atzīmējiet izvēles rūtiņ Play adio (Atskaņot adio), lai ieslēgt adio indikators šiem notikmiem: instrmenta inicializācija; izpildes sākšana; noteikt kļūd rašanās; nepieciešama lietotāja darbība; 19

25 izpildes pabeigšana. 5 Lai saglabāt iestatījms n pāriet nākamajā ekrānā, atlasiet Save (Saglabāt). Izpildes sākma n instrmenta veiktspējas dat iestatīšana 1 Sākma ekrānā atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet System Cstomization (Sistēmas pielāgošana). 3 [Neobligāti] Atlasiet izvēles rūtiņ Atomatically start rn after pre-rn check (Atomātiski sākt izpildi pēc pirmscikla pārbades), lai pēc veiksmīgas pirmscikla pārbades atomātiski sākt sekvencēšan. 4 Lai iespējot Illmina Proactive zradzības pakalpojm, atlasiet Send Instrment Performance Data to Illmina (Nosūtīt instrmenta veiktspējas dats Illmina) (Nosūtīt dats par instrmenta stāvokli Illmina). Atkarībā no lietotās NOS versijas šī iestatījma nosakms programmatūras saskarnē var atšķirties no šajā rokasgrāmatā norādītā. Ja šis iestatījms ir ieslēgts, instrmenta veiktspējas dati tiek sūtīti z Illmina. Šie dati palīdz zņēmmam Illmina vieglāk novērst problēmas n konstatēt iespējamās kļūdas, nodrošinot proaktīv apkopi n maksimāl instrmenta darbspējas laik. Papildinformācij par šī pakalpojma sniegtajām priekšrocībām skatiet Illmina Proactive tehniskajā piezīmē (dokmenta nr ). Šis pakalpojms: nesūta sekvencēšanas dats; ir pieejams tikai tad, ja instrments ir savienots ar tīkl ar piekļvi internetam; ir atspējots pēc noklsējma. Lai izvēlētos izmantot šo pakalpojm, iespējojiet iestatījm Send Instrment Performance Data to Illmina (Sūtīt informācij par instrmenta darbspēj zņēmmam Illmina). 5 Lai saglabāt iestatījms n atgrieztos ekrānā Pārvaldīt instrment, atlasiet Save (Saglabāt). Noklsējma izvades mapes iestatīšana Gan Windows kontam programmatūrā Local Rn Manager, gan Windows kontam instrmenta operētājsistēmā ir nepieciešama atļaja lasīt n rakstīt dats izvades mapē. Lai pārbadīt atļajas, sazinieties ar sav IT administrator. Lai programmatūrā Local Rn Manager iestatīt Windows kont, skatiet sadaļ Sistēmas pakalpojm kont iestatījm norādīšana 46. lpp. 1 Sākma ekrānā atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet System Cstomization (Sistēmas pielāgošana). 3 Atlasiet Browse (Pārlūkot), lai pāriet z mapes atrašanās viet. 4 Izvades mapē ievadiet pilno faila ceļ saskaņā ar niversālo nosakšanas formāt (Universal Naming Convention UNC). UNC formāta ceļā tiek iekļatas divas atpakaļvērstās slīpsvītras, servera nosakms n direktorija nosakms, tač netiek iekļats brts, kas apzīmē kartēt tīkla disk. Viena līmeņa izejas mapes ceļš ir jābeidz ar atpakaļvērsto slīpsvītr (piem., \\serveris\direktorijs1\). Div vai vairāk līmeņ izejas mapes ceļiem nav vajadzīga atpakaļvērstā slīpsvītra (piem., \\serveris\direktorijs1\direktorijs2). Norādot ceļ z kartēt tīkla disk, rodas kļūdas. Neizmantojiet šāds ceļs. 5 Lai saglabāt iestatījms n atgrieztos ekrānā Pārvaldīt instrment, atlasiet Save (Saglabāt). 20

26 Atsāknēšanas n izslēgšanas opcijas Atlasot pog Reboot / Shtdown (Atsāknēt / izslēgt), varat piekļūt tālāk norādītajiem līdzekļiem. Reboot to RUO (Atsāknēt režīmā RUO) instrmentā tiek atvērts izpētes režīms. Restart (Restartēt) instrmentā tiek atvērts diagnostikas režīms. Restart to Dx from RUO (Restartēt n pārslēgt režīm RUO z režīm Dx) instrmentā tiek atvērts diagnostikas režīms. Shtdown (Izslēgt) nākamreiz ieslēdzot instrment, tajā tiks atvērts diagnostikas režīms. Exit to Windows (Iziet n atvērt operētājsistēm Windows) ja jms ir nepieciešamās atļajas, varat aizvērt programmatūr NOS n atvērt operētājsistēm Windows. Atsāknēšana RUO režīmā Izmantojiet komand Reboot to RUO (Atsāknēt z RUO), lai iestatīt sistēmas programmatūr izpētes režīmā. Atļaj piekļūt šai fnkcijai piešķir administrators. 1 Atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet Reboot / Sht Down (Atsāknēt/Izslēgt). 3 Atlasiet Reboot to RUO (Atsāknēt z RUO). Restartēšana diagnostikas režīmā Izmantojiet komand Restart (Restartēt), lai droši izslēgt instrment n to restartēt diagnostikas režīmā. Diagnostikas režīms ir noklsējma sāknēšanas režīms. 1 Atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet Reboot / Shtdown (Atsāknēt/Izslēgt). 3 Atlasiet Restartēt. Atgriešanās diagnostikas režīmā no izpētes režīma Komanda pāriešanai no izpētes režīma diagnostikas režīmā atšķiras atkarībā no NextSeq vadības programmatūras (NCS) versijas izpētes režīma diskdziņos. 1 Esot izpētes režīmā, atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet kād no trpmāk aprakstītajām iespējām, lai atgrieztos diagnostikas režīmā. NCS v3.0 atlasiet Shtdown Options (Izslēgšanas opcijas), pēc tam Restart (Restartēt). NCS v4.0 vai janāka versija atlasiet Shtdown Options (Izslēgšanas opcijas) n pēc tam Reboot to Dx (Atsāknēt z Dx). Instrmenta izslēgšana 1 Atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet Reboot / Shtdown (Atsāknēt/Izslēgt). 3 Atlasiet Shtdown (Izslēgt). Komanda Shtdown (Izslēgt) droši izslēdz programmatūr n izslēdz instrmenta barošan. Uzgaidiet vismaz 60 sekndes pirms atkārtotas instrmenta ieslēgšanas. PIEZĪME Pēc noklsējma instrments pēc ieslēgšanas tiek sāknēts diagnostikas režīmā. 21

27 UZMANĪBU! Instrment nedrīkst pārvietot. Instrmenta nepareiza pārvietošana var ietekmēt optisko lāgojm n apdradēt dat integritāti. Ja nepieciešams pārvietot instrment, sazinieties ar Illmina pārstāvi. Iziešana n operētājsistēmas Windows atvēršana Komanda Exit to Windows (Iziet n atvērt operētājsistēm Windows) nodrošina piekļvi instrmenta operētājsistēmai n jebkrai mapei instrmenta datorā. Šī komanda droši izslēdz programmatūr n iziet no sistēmas, atverot operētājsistēm Windows. Tikai administrators var iziet no sistēmas n atvērt operētājsistēm Windows. 1 Atlasiet Manage Instrment (Pārvaldīt instrment). 2 Atlasiet Reboot / Shtdown (Atsāknēt/Izslēgt). 3 Atlasiet Exit to Windows (Iziet n atvērt operētājsistēm Windows). 22

28 4. nodaļa. Sekvencēšana Ievads 23 Sekvencēšanas darbplūsma 24 Izpildes izveide programmatūrā Local Rn Manager 24 Reaģent kasetnes sagatavošana 25 Plūsmas šūnas sagatavošana 25 Bibliotēkas sagatavošana sekvencēšanai 25 Bibliotēk ievietošana reaģent kasetnē 26 Sekvencēšanas cikla iestatīšana 26 Cikla progresa zradzība 32 Izpildes n parag dat skatīšana 33 Iespējamie izpildes stāvokļi 35 Analīzes atkārtota ievietošana rindā vai aptrēšana 36 Atomātiskā mazgāšana pēc izpildes 37 Ievads Lai veikt sekvencēšanas izpildi instrmentā NextSeq 550Dx, sagatavojiet reaģent kasetni n plūsmas šūn n pēc tam izpildiet programmatūras norādījms, lai iestatīt n sākt izpildi. Klaster ģenerēšana n sekvencēšana tiek veikta instrmentā. Pēc izpildes atomātiski sākas instrmenta mazgāšana ar komponentiem, kas ja ievietoti instrmentā. Klaster ģenerēšana Klaster ģenerēšanas laikā atsevišķas DNS moleklas tiek piesaistītas pie plūsmas elementa virsmas n pēc tam pastiprinātas, lai veidot klasters. Sekvencēšana Klasteri tiek attēloti, izmantojot div kanāl sekvencēšanas ķīmisko strktūr n filtr kombinācijas, kas specifiskas katram no florescējoši marķētajiem nkleotīdiem. Kad z plūsmas šūnas esošā elementa attēlveidošana ir pabeigta, tiek attēlots nākamais elements. Šis process tiek atkārtots katrā sekvencēšanas ciklā. Pēc attēl analīzes programmatūra veic bāzes noteikšan, filtrēšan n kvalitātes vērtēšan. Analīze Izpildes laikā vadības programmatūra atomātiski pārsūta bāzes noteikšanas (Base Call BCL) fails z norādīto izvades viet, lai veikt sekndāro analīzi. Sekvencēšanas izpildes ilgms Sekvencēšanas izpildes ilgms ir atkarīgs no veikto cikl skaita. Maksimālais izpildes ilgms ir pārota noslēgma izpilde ar 150 cikliem katram lasījmam (2 x 150), pls līdz pat 8 cikliem katrā no 2 indeksa lasījmiem. Cikl skaits lasījmā Sekvencēšanas izpildē nolasījmā veikto cikl skaits ir par 1 vairāk nekā analizēto cikl skaits. Piemēram, pārota gal 150 cikl izpildē tiek veikts 151 cikla nolasījms (2 151), kopmā 302 cikli. Darbības beigās tiek analizēti 2 x 150 cikli. Papild cikls ir nepieciešams, lai veikt fāzēšanas n pirmsfāzēšanas aprēķins. 23

29 Sekvencēšanas darbplūsma Izveidojiet izpildi Local Rn Manager programmatūras modlī. Skatiet jms pieejamā modļa analīzes darbplūsmas rokasgrāmat. Sagatavojiet jan reaģent kasetni: atkasējiet n pārbadiet to. Sagatavojiet jan plūsmas šūn: sasildiet to līdz istabas temperatūrai, izsaiņojiet n pārbadiet. Denatrējiet n atšķaidiet bibliotēkas. Skatiet norādījms bibliotēk sagatavošanas iepakojma ieliktnī. Ielādējiet bibliotēk atšķaidījm reaģent kasetnes 10. tvertnē. Instrmenta NOS sākma ekrānā atlasiet Seqence (Sekvencēt), jūs izpildes ID nmr n ievadiet izpildes iestatījms. Atlasiet Rn (Sākt izpildi). Ievietojiet plūsmas šūn. Iztkšojiet n ievietojiet atpakaļ izlietoto reaģent tvertni. Ievietojiet bfera kasetni n reaģenta kasetni. Pārskatiet pirmsizpildes pārbades rezltāts. Atlasiet Start (Sākt). (Nav nepieciešams, ja ir iestatīta atomātiskā palaišana). Veiciet izpildes pārradzīb car vadības programmatūras saskarni vai car tīklā savienot dator ar Local Rn Manager. Kad sekvencēšana ir pabeigta, atomātiski tiek zsākta instrmenta mazgāšana. Izpildes izveide programmatūrā Local Rn Manager Speciāls norādījms par to, kā izveidot izpildi, skatiet Local Rn Manager modļa rokasgrāmatā. Lai gan izpildes iestatīšanas process programmatūrā Local Rn Manager dažādiem analīzes darbplūsmas modļiem atšķiras, šis process ietver tālāk norādītās darbības. Local Rn Manager informācijas panelī atlasiet Create Rn (Izveidot izpildi) n atlasiet analīzes modli. Lapā Create Rn (Izpildes izveide) norādiet izpildes nosakm n, ja piemērojams, norādiet izpildē izmantojams parags n/vai importējiet manifests. 24

30 Reaģent kasetnes sagatavošana Lai sekvencēšana noritēt veiksmīgi, noteikti ievērojiet reaģent kasetnes norādījms. 1 Izņemiet reaģent kasetni no glabātavas, kras temperatūra ir no 25 C līdz 15 C. 2 Reaģent atkasēšanai izvēlieties vien no trpmāk aprakstītajām metodēm. Neiegremdējiet kasetni. Pēc kasetnes atkasēšanas nossiniet to, pirms veicat nākamo darbīb. Temperatūra Atkasēšanas laiks Stabilitātes ierobežojms Ūdens peldē temperatūrā no 15 C līdz 30 C 60 minūtes Ne vairāk kā 6 stndas No 2 C līdz 8 C 7 stndas Ne vairāk kā 5 dienas PIEZĪME Ja vienā ūdens peldē atkasē vairāk nekā vien kasetni, nodrošiniet papild atkasēšanas laik. 3 Apgrieziet kasetni piecas reizes, lai sajakt reaģents. 4 Pārbadiet kasetnes diben, lai pārliecinātos, ka reaģenti ir atkasēti n bez noglsnēm. Pārliecinieties, ka ir atkasēta 29., 30., 31. n 32. pozīcija, jo tās ir vislielākās n kūst visilgāk. 5 Lai samazināt gaisa brbļ skait, viegli piesitiet pie darbgalda. Lai iegūt labākos rezltāts, zreiz ievietojiet parag n iestatiet izpildi. BRĪDINĀJUMS Šajā reaģent komplektā ir potenciāli bīstamas ķīmiskās vielas. Ieelpojot, norijot, saskaroties ar ād n saskaroties ar acīm, iespējams gūt tramas. Valkājiet aizsardzības līdzekļs, tostarp ac aizsargs, cimds n laboratorijas zsvārci, kas atbilst ietekmes riskam. Apejieties ar lietotiem reaģentiem kā ar ķīmiskiem atkritmiem n atbrīvojieties no tiem saskaņā ar piemērojamiem reģionālajiem, valsts n vietējiem likmiem n noteikmiem. Papildinformācij par vidi, veselīb n drošīb skatiet drošības dat lapā vietnē spport.illmina.com/sds.html. Plūsmas šūnas sagatavošana 1 Izņemiet jan plūsmas šūnas kasti no glabātavas, krā temperatūra ir no 2 C līdz 8 C. 2 Izņemiet folijas iepakojm no kastes n 30 minūtes atstājiet to istabas temperatūrā. PIEZĪME Ja folijas iepakojms ir neskarts, plūsmas šūna istabas temperatūrā var palikt līdz pat 12 stndām. Izvairieties no atkārtotas plūsmas šūnas atdzišanas n zsilšanas. Bibliotēkas sagatavošana sekvencēšanai Denatrējiet n atšķaidiet bibliotēkas līdz 1,3 ml tilpmam. Praksē ievietošanas koncentrācija var mainīties atkarībā no bibliotēkas sagatavošanas n kvantifikācijas metodēm. Parag bibliotēk atšķaidīšana ir atkarīga no oligonkleotīd kopm sarežģītības. Norādījms par to, kā sagatavot parag bibliotēkas sekvencēšanai, tostarp par bibliotēk atšķaidīšan n apkopošan, skatiet attiecīgajā bibliotēk sagatavošanas komplekta Lietošanas pamācības sadaļā. Klaster blīvma optimizācija instrmentā NextSeq 550Dx ir obligāta. 25

31 Bibliotēk ievietošana reaģent kasetnē 1 Notīriet 10. rezervāra folijas plomb, kas marķēta ar zrakst Load Library Here (Ievietot bibliotēk šeit), izmantojot mazplūksn salveti. 2 Cardriet plomb ar tīr 1 ml pipetes gal. 3 Ievietojiet 1,3 ml sagatavoto bibliotēk 10. rezervārā, kas marķēts ar zrakst Load Library Here (Ievietot bibliotēk šeit). Izdalot bibliotēkas, neaiztieciet folijas plomb. 9. attēls. Bibliotēk ievietošana Sekvencēšanas cikla iestatīšana Izpildes atlase 1 Ekrānā Home (Sākms) atlasiet Seqence (Sekvencēt). 2 Sarakstā atlasiet izpildi. Informācij par sekvencēšanas izpildes izveidi skatiet sadaļā Local Rn Manager darbplūsma 12. lpp. Attēlveidošanas nodalījma drvis tiek atvērtas, palīgmateriāli no iepriekšējās izpildes tiek atbrīvoti, n pēc tam tiek atvērta iestatīšanas ekrān sērija. Īsa kavēšanās ir normāla parādība. 3 Atlasiet Next (Tālāk). Plūsmas elementa ievietošana 1 Izņemiet izlietoto plūsmas šūn no iepriekšējās izpildes. 2 Izņemiet plūsmas šūn no folijas iepakojma. 26

32 10. attēls. Izņemšana no folijas iepakojma 3 Atveriet carspīdīgo plastmasas gliemežvāka formas iepakojm n izņemiet plūsmas šūn. 11. attēls. Izņemšana no gliemežvāka formas iepakojma 4 Notīriet plūsmas šūnas stikla virsm ar neplūksnain spirta salveti. Nossiniet stikl ar mazplūksn salveti. PIEZĪME Pārliecinieties, ka plūsmas šūnas stikla virsma ir tīra. Ja nepieciešams, atkārtojiet tīrīšan. 5 Nolīdziniet plūsmas element virs izlīdzināšanas tapām n novietojiet plūsmas šūn z posma. 12. attēls. Plūsmas elementa ievietošana 6 Atlasiet Load (Ievietot). Atomātiski aizveras drvis, ekrānā parādās plūsmas šūnas ID n tiek pārbadīti sensori. 27

33 PIEZĪME Lai izvairītos no saspiešanas, aizvēršanas brīdī netriet rokas plūsmas šūnas drvj tvmā. 7 Atlasiet Next (Tālāk). Izlietoto reaģent tvertnes iztkšošana 1 Atveriet bfera nodalījma drvj slēg (drvj kreisajā apakšējā stūrī). 2 Izņemiet izlietoto reaģent tvertni n izmetiet satr saskaņā ar piemērojamajiem standartiem. 13. attēls. Izlietoto reaģent tvertnes izņemšana PIEZĪME Izņemot tvertni, atbalstiet to no apakšas ar rok. BRĪDINĀJUMS Šajā reaģent komplektā ir potenciāli bīstamas ķīmiskās vielas. Ieelpojot, norijot, saskaroties ar ād n saskaroties ar acīm, iespējams gūt tramas. Valkājiet aizsardzības līdzekļs, tostarp ac aizsargs, cimds n laboratorijas zsvārci, kas atbilst ietekmes riskam. Apejieties ar lietotiem reaģentiem kā ar ķīmiskiem atkritmiem n atbrīvojieties no tiem saskaņā ar piemērojamiem reģionālajiem, valsts n vietējiem likmiem n noteikmiem. Papildinformācij par vidi, veselīb n drošīb skatiet drošības dat lapā vietnē spport.illmina.com/sds.html. 3 Bfera nodalījmā iebīdiet tkšo izlietoto reaģent tvertni, līdz tā apstājas. Kad dzirdēsiet klikšķi, tas nozīmē, ka tvertne ir nofiksēta tai paredzētajā vietā. 28

34 14. attēls. Tkšas izlietoto reaģent tvertnes ievietošana Bfera kasetnes ievietošana 1 Izņemiet izlietoto bfera kasetni no agšējā nodalījma. Lai pacelt n pēc tam izvilkt bfera kasetni, jāpielieto zināms spēks. 2 Bfera nodalījmā iebīdiet jan bfera kasetni, līdz tā apstājas. Dzirdams klikšķis norāda, ka kasetne atrodas vietā, ekrānā parādās bfera kasetnes ID n tiek pārbadīts sensors. 15. attēls. Bfera kasetnes ievietošana 3 Aizveriet bfera nodalījma drvis n atlasiet Next (Tālāk). Reaģent kasetnes ievietošana 1 Atveriet reaģent nodalījma drvis, izmantojot fiksator zem drvj apakšējā labā stūra. 2 Izņemiet izlietoto reaģent kasetni no reaģent nodalījma. Iznīciniet neizlietoto satr atbilstoši piemērojamajiem standartiem. 29

35 BRĪDINĀJUMS Šajā reaģent komplektā ir potenciāli bīstamas ķīmiskās vielas. Ieelpojot, norijot, saskaroties ar ād n saskaroties ar acīm, iespējams gūt tramas. Valkājiet aizsardzības līdzekļs, tostarp ac aizsargs, cimds n laboratorijas zsvārci, kas atbilst ietekmes riskam. Apejieties ar lietotiem reaģentiem kā ar ķīmiskiem atkritmiem n atbrīvojieties no tiem saskaņā ar piemērojamiem reģionālajiem, valsts n vietējiem likmiem n noteikmiem. Papildinformācij par vidi, veselīb n drošīb skatiet drošības dat lapā vietnē spport.illmina.com/sds.html. PIEZĪME Lai atvieglot droš neizlietotā reaģenta iznīcināšan, 6. pozīcijā esošais rezervārs ir noņemams. Papildinformācij skatiet sadaļā Izlietotā rezervāra izņemšana no 6. pozīcijas 30. lpp. 3 Iebīdiet reaģent kasetni reaģent nodalījmā, līdz kasetne apstājas, n pēc tam aizveriet reaģenta nodalījma drvis. 16. attēls. Reaģent kasetnes ievietošana 4 Atlasiet Load (Ievietot). Programmatūra atomātiski pārvieto kasetni pozīcijā (~30 sekndes), ekrānā parādās reaģent kasetnes ID, n tiek pārbadīti sensori. 5 Atlasiet Next (Tālāk). Izlietotā rezervāra izņemšana no 6. pozīcijas 1 Kad izlietotā reaģent kasetne ir izņemta no instrmenta, noņemiet aizsargājošo gmijas apvalk virs atveres līdzās 6. pozīcijai. 17. attēls. Izņemamā 6. pozīcija A B Aizsargājošs gmijas apvalks 6. pozīcija 30

36 2 Nospiediet carspīdīgo plastmasas cilni n spiediet to pa kreisi, lai izņemt rezervār. 3 Iznīciniet rezervār atbilstoši piemērojamajiem standartiem. Pirmsizpildes pārbades pārskatīšana Programmatūra veic atomatizēto sistēmas pirmsizpildes pārbadi. Pārbades laikā ekrānā tiek parādīti tālāk norādītie indikatori: Pelēka atzīme pārbade vēl nav veikta. Progresa ikona notiek pārbade. Zaļa atzīme pārbade ir iztrēta. Sarkans krstiņš pārbade nav iztrēta. Attiecībā z visiem vienmiem, kri neiztrēja pārbadi, ir jāveic darbības, pirms varēsiet trpināt. Skatiet sadaļ Atomātiskās pārbades kļūd novēršana 53. lpp. Lai aptrēt notiekoš atomatizēto pirmsizpildes pārbadi, atlasiet pog Cancel (Atcelt). Lai atsākt pārbadi, atlasiet pog Retry (Mēģināt vēlreiz). Pārbade tiek atsākta no pirmās pārbades, kra nebija pabeigta vai bija neveiksmīga. Lai apskatīt katras atsevišķas pārbades rezltāts vienā kategorijā, atlasiet cilni Category (Kategorija). Ja instrmentā nav konfigrēta atomātiskā izpildes sākšana, sāciet izpildi, kad ir pabeigta atomātiskā pirmsizpildes pārbade. Izpildes zsākšana Kad atomatizētā pārbade pirms izpildes ir pabeigta, atlasiet Start (Sākt). Sākas sekvencēšanas izpilde. Lai konfigrēt sistēm tādējādi, lai tā pēc veiksmīgas pārbades atomātiski sākt izpildi, skatiet sadaļ Izpildes sākma n instrmenta veiktspējas dat iestatīšana 20. lpp. UZMANĪBU! Pārliecinieties, ka esat pieteicies sistēmā Windows. Ja sekvencēšanas izpildes laikā atsakāties no Windows sistēmas, izpilde tiek pārtrakta. PIEZĪME Reaģenti nevar būt dīkstāvē ilgāk par 24 stndām. 31

37 Cikla progresa zradzība 1 Uzragiet izpildes progres, intensitātes n kvalitātes rādītājs, ekrānā parādoties rezltātiem. 18. attēls. Sekvencēšanas izpildes progress n rādītāji A B C D E F G H Izpildes progress attēlo pašreizējo darbīb n katra lasījma pabeigto cikl skait. Progresa josla nav proporcionāla katras darbības izpildes ātrmam. Paredzamais izpildes pabeigšanas datms n laiks tiek attēlots apakšā. Q rādītājs attēlo kvalitātes rādītāj (Q rādītāj) sadalījm. Skatiet sadaļ Kvalitātes novērtēšana 60. lpp. Intensitāte attēlo klaster intensitātes vērtīb 90. procentilē katram elementam. Katr bāzi apzīmē laciņa krāsa: sarkana ir A, zaļa ir C, zila ir G n melna ir T. Klaster blīvms (K/mm²) attēlo izpildei konstatēto klaster skait. Klaster skaits, kas iziet filtr (%) attēlo klaster procentālo dadzm, kas iziet filtr. Skatiet sadaļ Klaster carlaides filtrs 60. lpp. Paredzamais iznākms (Gb) attēlo izpildei paredzēto bāz skait. Informācija par partij attēlo sekvencēšanas palīgmateriāl partij nmrs. Plūsmas šūnai tiek attēlots sērijas nmrs. Beigt izpildi beidz notiekošo izpildi. PIEZĪME Pēc tam, kad esat izvēlējies iespēj Home (Sākms), nav iespējams atgriezties, lai skatīt izpildes rādītājs. Tomēr rādītāji ir pieejami, izmantojot Local Rn Manager sistēmā NOS. Sākma ekrānā atlasiet Local Rn Manager, vai atlasiet to attālināti, izmantojot tīmekļa pārlūk tīkla datorā. UZMANĪBU! Ja lietotājs priekšlaicīgi pārtrac sekvencēšanas izpildi, izpildei izmantotie palīgmateriāli kļūst nelietojami. Izpildes rādītāj cikli Izpildes rādītāji tiek parādīti dažādos izpildes posmos. Klaster ģenerēšanas darbīb laikā rādītāji netiek parādīti. Pirmos piecs cikls izmanto veidņ ģenerēšanai. Izpildes rādītāji, tostarp klaster blīvms, klasteri, kas iziet filtr, iegve n kvalitātes rādītāji, tiek parādīti pēc 25. cikla. 32

38 Dat pārsūtīšana Stats (Izpildes statss) Local Rn Manager Izvades mape Savienots Savienots n veic dat pārsūtīšan Atvienots Atspējots Ja dat pārsūtīšana apstrādes laikā tiek pārtrakta, dati īslaicīgi tiek saglabāti instrmenta datorā. Dat pārsūtīšana tiek atomātiski atsākta zreiz pēc savienojma atjanošanas. Ja pirms izpildes pabeigšanas savienojms netiek atjanots, pirms nākamās izpilde zsākšanas veiciet manāl dat pārsūtīšan. Izpildes n parag dat skatīšana Lai skatīt izpildes n parag dats, Local Rn Manager informācijas panelī noklikšķiniet z izpildes nosakma. Analīzes rezltāt kopsavilkms ir apskatāms trijās cilnēs, kā norādīts tālāk. Rn Overview (Izpildes pārskats) Seqencing Information (Sekvencēšanas informācija) Samples and Reslts (Paragi n rezltāti) Cilne Rn Overview (Izpildes kopsavilkms) Cilnē Rn Overview (Izpildes kopsavilkms) ir sniegta informācija par izpildi, sekvencēšanas rādītāj kopsavilkm n izpildes mapes atrašanās vieta. Sadaļas nosakms Rn Name / Rn ID (Izpildes nosakms / izpildes ID) Created By (Izveidoja:) Description (Apraksts) Otpt Rn Folder (Izvades izpildes mape) Total Clsters (Kopējie klasteri) Apraksts Izpildes nosakms, kas piešķirts pie izpildes izveidošanas. Tā lietotāja vārds, krš izveidoja izpildi. Izpildes apraksts, ja tāds ir. Ceļš z sekvencēšanas izpildes izvades mapi. Noklikšķiniet z ikonas kopēšanai starpliktvē, lai ātri piekļūt izvades mapei. Klaster skaits vienā izpildē. 33

39 Sadaļas nosakms %Clsters PF (% klaster tiek izlaisti car filtr) % Q30 (Read 1) (% Q30 (1. nolasījms)) % Q30 (Read 2) (% Q30 (2. nolasījms)) Last Scored Cycle (Pēdējais cikls ar rādītāj) Apraksts Klaster procentālais skaits, kas iziet filtr. Lasījm procentālais dadzms 1. nolasījmā ar kvalitātes rādītāj 30 (Q30) vai agstāk. Lasījm procentālais dadzms 2. nolasījmā ar kvalitātes rādītāj 30 (Q30) vai agstāk. Pēdējais izpildes cikls ar kvalitātes rādītāj. Šī vērtība atspogļo pēdējo izpildes cikl, ja vien izpilde nav beigsies par ātr. Cilne Seqencing Information (Sekvencēšanas informācija) Cilnē Seqencing Information (Sekvencēšanas informācija) sniegts kopsavilkms par sekvencēšanas izpildes parametriem. Cilnē Seqencing Information (Sekvencēšanas informācija) ir nodrošināta šāda informācija: Sadaļas nosakms Instrment Name (Instrmenta nosakms) Seqenced By (Sekvencēšan veica:) Seqencing Start (Sekvencēšanas sākms) RTA Version (RTA versija) Modle Version (Modļa versija) Read Lengths (Lasījm garmi) Flow Cell Information (Informācija par plūsmas šūn) Bffer Information (Informācija par bferi) Reagent Cartridge Information (Informācija par reaģenta kasetni) Apraksts Instrmenta nosakms, ar kr tika veikta izpilde. Lietotāja vārds, krš zsāka izpildi. Datms n laiks, kad sākās sekvencēšanas izpilde. Izpildei izmantotā RTA programmatūras versija. Izpildei piešķirtā analīzes modļa versija. Lasījm n cikl skaits katram lasījmam, kas veikts izpildes laikā. Izpildei izmantotās plūsmas šūnas svītrkods, daļas nmrs, partijas nmrs n derīgma termiņš. Izpildei izmantotās bfera kasetnes svītrkods, daļas nmrs, partijas nmrs n derīgma termiņš. Izpildei izmantotās reaģenta kasetnes svītrkods, daļas nmrs, partijas nmrs n derīgma termiņš. Cilne Samples and Reslts (Paragi n rezltāti) Cilnē Paragi n rezltāti norādītā informācija ir specifiska izpildei izmantotajam analīzes modlim. Cilnē Samples and Reslts (Paragi n rezltāti) var būt redzami tālāk norādītie informācijas laki. 34

40 Sadaļas nosakms Select Analysis (Analīž atlase) Analysis Folder (Analīzes mape) Reqee Analysis (Analīzes atkārtota ievietošana rindā) Apraksts Nolaižamais saraksts ar katr analīzi, kas veikta, pamatojoties z datiem, kas iegūti no sekvencēšanas izpildes. Katrai analīzes izpildes reizei tiek piešķirts kārtas nmrs. Rezltāti tiek zskaitīti atsevišķi. Ceļš z analīzes mapi. Noklikšķiniet z kopēšanas z starpliktvi ikonas, lai ātri piekļūt analīzes mapei. Komanda atkārtotai sekvencēšanas izpildes dat analīzei. Šī komanda nodrošina iespēj rediģēt analīzes parametrs vai trpināt bez izmaiņām. Iespējamie izpildes stāvokļi Informācijas paneļa kolonnā Stats (Statss) tiek parādīts katras zskaitītās izpildes statss. Tālāk norādītajā tablā ir aprakstīti iespējamie izpildes stāvokļi n statsa joslas krāsa kolonnā Stats (Statss). Stats (Izpildes statss) Statsa joslas krāsa Statsa apraksts Ready for Seqencing (Gatavs sekvencēšanai) Seqencing Rnning (Notiek sekvencēšana) Seqencing Unsccessfl (Sekvencēšana nesekmīga) Seqencing Stopped (Sekvencēšana pārtrakta) Seqencing Complete (Sekvencēšana pabeigta) Primary Analysis Complete (Primārā analīze pabeigta) Primary Analysis Unsccessfl (Primārā analīze nesekmīga) Analysis Qeed (Analīze ielikta rindā) Analysis Rnning (Analīze tiek izpildīta) Analysis Unsccessfl (Analīze nesekmīga) Stopping Analysis (Notiek analīzes aptrēšana) Analysis Stopped (Analīze pārtrakta) Neviena Zils Sarkans Sarkans Zils Zils Sarkans Zils Zils Sarkans Sarkans Sarkans Notiek sekvencēšanas izpildes sākma gaidīšana. Sekvencēšana ir procesā. Sekvencēšanas problēma. Nav aktivitātes. Sekvencēšana pārtrakta. Nav aktivitātes. Sekvencēšana ir pabeigta. Statsa joslas progress ir 50 %. Rādītāj sekvencēšana ir pabeigta. Statsa joslas progress ir 50 %. RTA analīze neizdevās. Statsa joslas progress ir 25 %. Gaida analīzes sākm. Notiek analīze. Analīzes problēma. Nav aktivitātes. Saņemts pieprasījms pārtrakt analīzi. Analīze pārtrakta. Nav aktivitātes. 35

41 Stats (Izpildes statss) Statsa joslas krāsa Statsa apraksts Analysis Completed (Analīze pabeigta) Zaļš Darbība pabeigta. Statsa joslas progress ir 100 %. Analīzes atkārtota ievietošana rindā vai aptrēšana Pēc analīzes aptrēšanas, ja analīze bija neveiksmīga vai ja vēlaties atkārtot analīzi ar dažādiem iestatījmiem, analīzi var atkārtoti ievietot rindā. Jūs varat analīzi atkārtoti ievietot rindā no Local Rn Manager informācijas paneļa vai no cilnes Samples and Reslts (Paragi n rezltāti). Varat atcelt Local Rn Manager analīzi, zsākt cit sekvencēšanas izpildi n vēlāk atgriezties n atkārtoti ievietot sākotnējas izpildes analīzi rindā. Local Rn Manager analīzes aptrēšana 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas blaks izpildes nosakmam, kr vēlaties pārtrakt. 2 Atlasiet Stop Analysis (Analīzes aptrēšana). Analīzes atkārtota ievietošana rindā lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z papild opcij ikonas blaks izpildes nosakmam, kr vēlaties atkārtoti ievietot rindā. 2 Noklikšķiniet z Reqee (Atkārtoti ievietot rindā). 3 Kad parādās zvedne, izvēlieties kād no tālāk norādītajām opcijām. Noklikšķiniet Edit Setp (Rediģēt iestatīšan), lai mainīt analīzes parametrs. Lapā Reqee Analysis (Analīzes atkārtota ievietošana rindā) nomainiet vēlamos iestatījms n pēc tam noklikšķiniet z Reqee Analysis (Atkārtoti ievietot analīzi rindā). Noklikšķiniet z Reqee (Atkārtoti ievietot rindā). Analīze tiek sākta, izmantojot pašreizējos analīzes parametrs. Analīzes atkārtota ievietošana rindā rezltāt lapā 1 Lapā Active Rns (Aktīvās izpildes) noklikšķiniet z izpildes nosakma. 2 [Neobligāti] Mainiet izvades mapi. Skatiet sadaļ Izvades izpildes mapes atrašanās vietas maiņa 37. lpp. 3 Noklikšķiniet z cilnes Samples and Reslts (Paragi n rezltāti). 4 Noklikšķiniet z Reqee Analysis (Atkārtoti ievietot analīzi rindā). 5 Kad parādās zvedne, izvēlieties kād no tālāk norādītajām opcijām. Noklikšķiniet Edit Setp (Rediģēt iestatīšan), lai mainīt analīzes parametrs. Lapā Reqee Analysis (Analīzes atkārtota ievietošana rindā) nomainiet vēlamos iestatījms n pēc tam noklikšķiniet z Reqee Analysis (Atkārtoti ievietot analīzi rindā). Noklikšķiniet z Reqee (Atkārtoti ievietot rindā). Analīze tiek sākta, izmantojot pašreizējos analīzes parametrs. 36

42 Izvades izpildes mapes atrašanās vietas maiņa Izvades izpildes mapes atrašanās viet var mainīt, pirms atkārtoti ievietojat izpildi rindā. Izvades mapes maiņa nav nepieciešama, jo atkārtota analīzes ievietošana rindā nepārraksta vecākas analīzes. 1 Informācijas panelī Active Rns (Aktīvās izpildes) no saraksta atlasiet izpildi. 2 Atlasiet Rn Overview (Izpildes pārskats). 3 Atlasiet ikon Edit (Rediģēt) n ievadiet janās mapes ceļ. Lai gan faila atrašanās vieta var mainīties, jūs nevarat mainīt izvades izpildes mapes nosakm. Ievērojiet norādījms par UNC fail ceļiem, kā aprakstīts sadaļā Noklsējma izvades mapes iestatīšana 20. lpp. 4 Atlasiet ikon Save (Saglabāt). Atomātiskā mazgāšana pēc izpildes Kad sekvencēšanas izpilde ir pabeigta, programmatūra zsāk atomātisk mazgāšan pēc izpildes, izmantojot mazgāšanas šķīdm no bfera kasetnes n NaOCl no reaģent kasetnes. Atomātiskā mazgāšana pēc izpildes ilgst aptveni 90 minūtes. Kad mazgāšana ir pabeigta, poga Sākms kļūst aktīva. Mazgāšanas laikā sekvencēšanas rezltāti paliek redzami z ekrāna. Pēc mazgāšanas Pēc mazgāšanas parag padeves ierīces paliek nolaistā stāvoklī, lai novērst gaisa iekļvi sistēmā. Atstājiet kasetnes tām paredzētajā vietā līdz nākamajai izpildei. Palīgmateriāl noņemšana Retos gadījmos var rasties nepieciešamība izņemt no instrmenta viss izejmateriāls. Lai to izdarīt, izmantojiet ātrās mazgāšanas ekrān, lai izņemt izejmateriāls. 1 Atlasiet Perform Wash (Veikt mazgāšan), pēc tam atlasiet Qick Wash (Ātrā mazgāšana) 2 Plūsmas šūnas drvis tiks atvērtas n reaģent kasetne tiks izvirzīta n novietota izņemšanas pozīcijā. 3 Izņemiet plūsmas šūnas bfera kasetni n reaģenta kasetni. 4 Izņemiet izlietoto reaģent tvertni n izmetiet satr saskaņā ar piemērojamajiem standartiem. 5 Bfera nodalījmā iebīdiet tkšo izlietoto reaģent tvertni, līdz tā apstājas. Kad dzirdēsiet klikšķi, tas nozīmē, ka tvertne ir nofiksēta tai paredzētajā vietā. 6 Atlasiet Exit (Iziet), lai atgrieztos NOS sākma ekrānā. 37

43 5. nodaļa. Apkope Ievads 38 Manālās mazgāšanas veikšana 38 Gaisa filtra nomaiņa 41 Ievads Apkopes procedūrās iekļata instrmenta mazgāšana ar rokām n gaisa filtra nomaiņa. Aprakstītas arī instrmenta izslēgšanas n atsāknēšanas darbības. Instrmenta mazgāšana atomātiska instrmenta pēcizpildes mazgāšana pēc katras sekvencēšanas izpildes ztr instrmenta veiktspēj. Tomēr ik pa laikam, noteiktos apstākļos, ir nepieciešama mazgāšana ar rokām. Skatiet sadaļ Manālās mazgāšanas veikšana 38. lpp. Gaisa filtra nomaiņa reglāra gaisa filtra nomaiņa nodrošina pareiz gaisa plūsm car instrment. Profilaktiskā apkope Uzņēmms Illmina iesaka reizi gadā ieplānot profilaktisko apkopi. Ja nav noslēgts apkopes līgms, sazinieties ar teritoriālo tehniskā atbalsta speciālist vai Illmina tehniskā atbalsta dienest, lai vienotos par maksas profilaktisko apkopi. Manālās mazgāšanas veikšana Manālo mazgāšan var palaist no sākma ekrāna. Mazgāšanas iespējas ietver ātro mazgāšan n manālo mazgāšan pēc izpildes. Mazgāšanas veidi Ātrā mazgāšana Ilgms: 20 minūtes Manāla mazgāšana pēc izpildes Ilgms: 90 minūtes Apraksts Izskalo sistēm ar lietotāja nodrošināt laboratorijas kvalitātes ūdeni n Tween 20 (bfera mazgāšanas kasetne) mazgāšanas šķīdm. Jāveic ik pēc 14 instrmenta dīkstāves dienām, esot ievietotai reaģent kasetnei n bfera kasetnei. Jāveic ik pēc 7 dienām, krās instrments ir sasā stāvoklī (reaģenta kasetne n bfera kasetne ir izņemtas). Izskalo sistēm ar lietotāja nodrošināt laboratorijas kvalitātes ūdeni, Tween 20 (bfera mazgāšanas kasetne) n 0,12% nātrija hipohlorīta (reaģent mazgāšanas kasetne) mazgāšanas šķīdm. Jāveic, ja nav veikta atomātiskā mazgāšana pēc izpildes. Manālai mazgāšanai nepieciešama reaģenta mazgāšanas kasetne n bfera mazgāšanas kasetne, kas piegādātas kopā ar instrment, kā arī izlietota plūsmas šūna. Izlietot plūsmas šūn instrmenta mazgāšanai var izmantot līdz pat 20 reizēm. 38

44 19. attēls. Reaģenta mazgāšanas kasetne n bfera mazgāšanas kasetne Manālās pēcizpildes mazgāšanas sagatavošana Izvēlieties manālās pēcizpildes mazgāšanas sagatavošan, kā aprakstīts tālāk, vai ātrās mazgāšanas sagatavošan (skatiet nākamajā sadaļā). Ja plānojat veikt manālo pēcizpildes mazgāšan, izlaidiet ātrās mazgāšanas sadaļ n trpiniet, kā aprakstīts sadaļā Izmantotās plūsmas šūnas n mazgāšanas kasetnes ievietošana 40. lpp. Lietotāja nodrošināmie palīgmateriāli Tilpms n apraksts NaOCl 1 ml, atšķaidīts līdz 0,12 % Iepildīts reaģenta mazgāšanas kasetnē (28. pozīcija) 100 % mazgāšanas šķīdms Tween 20 Laboratorijas klases ūdens Izmanto, lai sagatavot 125 ml 0,05 % mazgāšanas šķīdm Tween 20 Iepildīts bfera mazgāšanas kasetnē (centrālajā rezervārā) PIEZĪME Vienmēr izmantojiet svaig NaOCl šķīdm, kas sagatavots iepriekšējās 24 stndās. Ja tilpms ir lielāks par 1 ml, glabājiet atlikšo šķīdm 2 8 C temperatūrā n izlietojiet šķīdm nākamo 24 stnd laikā. Pretējā gadījmā atlikšais NaOCl šķīdms jāizmet. 1 Lai iegūt 1 ml 0,12 % NaOCl šķīdm, mikrocentrifūgas mēģenē sajaciet šīs sastāvdaļas: 5% NaOCl (24 µl) laboratorijas klases ūdens (976 µl). 2 Lai sajakt, apvērsiet mēģeni. 3 Reaģenta mazgāšanas kasetnē iepildiet 1 ml 0,12 % NaOCl šķīdma. Pareizais rezervārs atrodas 28. pozīcijā z iepriekš zpildītās kasetnes. 39

45 20. attēls. NaOCl iepildīšana 4 Lai iegūt 0,05 % mazgāšanas šķīdm Tween 20, sajaciet šīs sastāvdaļas: 100 % mazgāšanas šķīdms Tween 20 (62 µl); laboratorijas klases ūdens (125 ml). 5 Bfera mazgāšanas kasetnes centrālajā rezervārā iepildiet 125 ml mazgāšanas šķīdma. 6 Atlasiet Perform Wash (Veikt mazgāšan) n pēc tam atlasiet Manal Post-Rn Wash (Manālā pēcizpildes mazgāšana). Sagatavošanās ātrajai mazgāšanai Jūs varat sagatavoties ātrajai mazgāšanai saskaņā ar zemāk aprakstīto procedūr, izpildot to kā alternatīv opcijai Manālās pēcizpildes mazgāšanas sagatavošana 39. lpp. Lietotāja nodrošināmie palīgmateriāli 100 % mazgāšanas šķīdms Tween 20 Laboratorijas klases ūdens Tilpms n apraksts Izmanto, lai sagatavot 40 ml 0,05 % mazgāšanas šķīdm Tween 20 Iepilda z bfera mazgāšanas kasetnes (vidējā tvertne) 1 Lai iegūt 0,05 % mazgāšanas šķīdm Tween 20, sajaciet šīs sastāvdaļas: 100 % Tween 20 (20 µl); laboratorijas klases ūdens (40 ml). 2 Bfera mazgāšanas kasetnes centrālajā rezervārā iepildiet 40 ml mazgāšanas šķīdma. 3 Atlasiet Perform Wash (Veikt mazgāšan), pēc tam atlasiet Qick Wash (Ātrā mazgāšana). Izmantotās plūsmas šūnas n mazgāšanas kasetnes ievietošana 1 Ja izmantotā plūsmas šūna nav ievietota, ievietojiet to. Atlasiet Load (Ievietot) n pēc tam atlasiet Next (Tālāk). 2 Izņemiet izlietoto reaģent tvertni n izmetiet satr saskaņā ar piemērojamajiem standartiem. BRĪDINĀJUMS Šajā reaģent komplektā ir potenciāli bīstamas ķīmiskās vielas. Ieelpojot, norijot, saskaroties ar ād n saskaroties ar acīm, iespējams gūt tramas. Valkājiet aizsardzības līdzekļs, tostarp ac aizsargs, cimds n laboratorijas zsvārci, kas atbilst ietekmes riskam. Apejieties ar lietotiem reaģentiem kā ar ķīmiskiem atkritmiem n atbrīvojieties no tiem saskaņā ar piemērojamiem reģionālajiem, valsts n vietējiem likmiem n noteikmiem. Papildinformācij par vidi, veselīb n drošīb skatiet drošības dat lapā vietnē spport.illmina.com/sds.html. 40

46 3 Bfera nodalījmā iebīdiet tkšo izlietoto reaģent tvertni, līdz tā apstājas. 4 Izņemiet izlietoto bfera kasetni no iepriekšējās izpildes, ja tā ir. 5 Ievietojiet bfera mazgāšanas kasetni ar mazgāšanas šķīdm. 6 Izņemiet izlietoto reaģent kasetni no iepriekšējās izpildes, ja tā ir. 7 Ievietojiet reaģent mazgāšanas kasetni. 8 Atlasiet Next (Tālāk). Atomātiski sākas pārbade pirms mazgāšanas. Mazgāšanas zsākšana 1 Atlasiet Start (Sākt). 2 Kad mazgāšana ir pabeigta, atlasiet Home (Sākms). Pēc mazgāšanas Pēc mazgāšanas parag padeves ierīces paliek nolaistā stāvoklī, lai novērst gaisa iekļvi sistēmā. Atstājiet kasetnes tām paredzētajā vietā līdz nākamajai izpildei. Gaisa filtra nomaiņa Gaisa filtrs nodrošina gaisa plūsm car instrment. Programmatūra ik pēc 90 dienām attēlo paziņojm par gaisa filtra nomaiņ. Kad tiek parādīts zaicinājms, atlasiet Remind in 1 day (Atgādināt pēc 1 dienas) vai izpildiet trpmāk norādītās darbības n atlasiet Filter Changed (Filtrs ir nomainīts). Pēc iespējas Filter Changed (Filtrs ir nomainīts) atlases 90 dien atpakaļskaitīšana tiek atiestatīta. 1 Izņemiet jano gaisa filtr no iepakojma n z filtra rāmja zrakstiet datm, krā esat to zstādījis. 2 Instrmenta aizmgrē nospiediet filtra paplātes agšdaļ, lai to atbrīvot. 3 Satveriet filtra paplātes agšdaļ n velciet to z agš, lai pilnībā izcelt paplāti no instrmenta. 4 Izņemiet n izmetiet veco gaisa filtr. 5 Ievietojiet paplātē jano gaisa filtr. PIEZĪME Ja gaisa filtrs ievietots otrādi, tas nedarbojas pareizi. Pārliecinieties, ka gaisa filtrs paplātē ievietots tādējādi, lai būt redzama zaļā bltiņa Up (Uz agš) n nebūt redzama brīdinājma etiķete. Bltiņai jābūt vērstai pret filtra paplātes roktri. 6 Iebīdiet filtra paplāti instrmentā. Nospiediet filtra paplātes agšpsi z lej, līdz tā nofiksējas vietā. 41

47 21. attēls. Gaisa filtra ievietošana 42

48 A. pielikms Local Rn Manager administratīvie iestatījmi n zdevmi Ievads 43 Lietotāj pārvaldība 43 Sistēmas iestatījmi 45 Modļa iestatījmi 47 Aditācijas pieraksti 47 Ievads Tālāk norādītajiem iestatījmiem n zdevmiem ir nepieciešamas atļajas no lietotāja, kam ir administratora tiesības. Lietotāj kont pārvaldība lietotāj pievienošana, atļaj piešķiršana n paroļ iestatīšana. NOS sistēmas iestatījm rediģēšana ļaj rediģēt NOS, izmantojot instrmenta pārvaldības ikon, kas atrodas instrmenta NextSeq 550Dx sākma ekrānā. Local Rn Manager sistēmas iestatījm pārvaldība tiek iestatīti sistēmas drošības parametri, apkopes intervāli n pakalpojm konti. Izpildes mapes atkārtota saistīšana ja izpildes mape tiek dzēsta n pēc tam atjanota, šī opcija ļaj izpildes sasaisti ar atjanoto mapi atkārtoti ievietot rindā z analīzi. Aditācijas pierakst skatīšana pārraga piekļves biežm n lietotāja aktivitāti. Atļajas veikt tālāk norādīto zdevm ir konfigrējamas sadaļā Lietotāj pārvaldība. Atsāknēšana z režīm Tikai izpētes lietojmam ļaj atsāknēt z izpētes režīma komand, kas sistēmas programmatūr nomaina z izpētes (RUO) režīm. Modļa iestatījm rediģēšana ļaj konfigrēt modļ iestatījms, piemēram, manifestācijas fail agšpielādi, lai tos izmantot visām izpildēm, izmantojot konkrēt analīzes modli. Analīzes atkārtota ievietošana rindā ļaj rediģēt parametrs n pēc tam veikt atkārtot analīzi. Skatīt Analīzes atkārtota ievietošana rindā vai aptrēšana 36. lpp. Lietotāj pārvaldība Visi lietotāj konti ir norādīti lapā Lietotāj pārvaldība, krā ir katra konta lietotāja vārds, zvārds n lietotājvārds. Katra konta informācijas sadaļā tiek pārvaldīta loma n ar to saistītās atļajas. Ir iespējamas divas lomas administrators vai lietotājs. Administratora loma administratora lomām pēc noklsējma ir neierobežota atļaja. Lietotāja loma lietotāj lomas ir konfigrējamas, pamatojoties z iespējamo atļaj apakškop. Izpildes var izveidot visi lietotāji neatkarīgi no atļaj iestatījmiem. Lietotāj pārvaldības lap var skatīt tikai lietotājs ar administratora tiesībām. PIEZĪME Izveidojiet vairāk nekā vien lietotāja kont ar administratora tiesībām. Ja instrmenta vienīgajam lietotājam ar administratora tiesībām ir bloķēta pieeja, instrment var atbloķēt tikai Illmina tehniskā atbalsta dienests. 43

49 PIEZĪME Atkarībā no ekrāna lielma, krā skatāt programmatūr, izvēlne Tools (Rīki) var būt saspiesta zem izvēlnes agšējā kreisajā stūrī. Lietotāja atļajas Atļaja Apraksts Administratora loma Lietotāja loma Programmatūras Local Rn Manager sistēmas iestatījm rediģēšana Drošības, ztrēšanas n pakalpojm kont iestatījm iestatīšana Atļats Nav atļats Iziešana n operētājsistēmas Windows atvēršana Modļa iestatījm rediģēšana Izeja z NOS n piekļve instrmenta datoram. Analīzes modļ manifestācijas fail agšpielāde Atļats Atļats Nav atļats Atļats, ja atlasīts Lietotāj kont pārvaldība Lietotāj kont izveide n rediģēšana Atļats Nav atļats NOS minimizēšana n piekļve datoram Analīzes atkārtota ievietošana rindā Atsāknēšana z režīm Tikai izpētes lietojmam Aditācijas pierakst skatīšana Jana lietotāja izveidošana NOS minimizēšana n piekļve instrmenta datoram. Izpilž atkārtota analīze; analīzes parametr rediģēšana Instrmenta programmatūras maiņa z RUO režīm Skatiet, filtrējiet n eksportējiet aditācijas pieraksts Atļats Atļats Atļats Atļats Nav atļats Atļats, ja atlasīts Atļats, ja atlasīts Nav atļats 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z User Management (Lietotāj pārvaldība). 2 Lapā User Management (Lietotāj pārvaldība) noklikšķiniet z Create User (Izveidot lietotāj). 3 Dialoglodziņā Create New User (Izveidot jan lietotāj) ievadiet janā lietotāja vārd n zvārd. 4 Lakā User Name (Lietotājvārds) ievadiet lietotājvārd. Lietotājvārdiem jābūt nikāliem, n tos vēlāk nevar izmantot atkārtoti vai rediģēt. 5 Lakā New Password (Janā parole) ievadiet pagaid paroli. Pagaid paroles netiek glabātas paroļ vēstrē, n tās var izmantot atkārtoti. 6 Lakā Confirm Password (Paroles apstiprināšana) atkārtoti ievadiet pagaid paroli. 7 Lai atlasīt lom, noklikšķiniet z Admin (Administrators) vai User (Lietotājs), lai pārslēgtos starp opcijām. 8 Atlasiet lietotāja atļajas, pamatojoties z norādīto lietotāja lom. 9 Noklikšķiniet z Create User (Izveidot lietotāj). Lietotāja paroles atiestatīšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z User Management (Lietotāj pārvaldība). 44

50 2 Atrodiet lietotājvārd, kr vēlaties rediģēt, n noklikšķiniet z rediģēšanas ikonas. 3 Lakā New Password (Janā parole) ievadiet pagaid paroli. Pagaid paroles netiek glabātas paroļ vēstrē, n tās var izmantot atkārtoti. 4 Lakā Confirm Password (Paroles apstiprināšana) atkārtoti ievadiet pagaid paroli. 5 Noklikšķiniet z Update User (Atjanināt lietotāj). Lietotāja paroles atbloķēšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z User Management (Lietotāj pārvaldība). 2 Atrodiet lietotājvārd, kr vēlaties rediģēt, n noklikšķiniet z rediģēšanas ikonas. 3 Dialoglodziņā Edit User (Lietotāja rediģēšana) noklikšķiniet z Unblock User (Atbloķēt lietotāj). 4 Lakā New Password (Janā parole) ievadiet pagaid paroli. 5 Lakā Confirm Password (Paroles apstiprināšana) atkārtoti ievadiet pagaid paroli. 6 Noklikšķiniet z Update User (Atjanināt lietotāj). Lietotāja atļaj mainīšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z User Management (Lietotāj pārvaldība). 2 Atrodiet lietotājvārd, kr vēlaties rediģēt, n noklikšķiniet z rediģēšanas ikonas. 3 Lai mainīt lom, noklikšķiniet z Admin (Administrators) vai User (Lietotājs), lai pārslēgtos starp opcijām. 4 Atlasiet lietotāja atļajas, pamatojoties z norādīto lietotāja lom. 5 Noklikšķiniet z Update User (Atjanināt lietotāj). Lietotāja dzēšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z User Management (Lietotāj pārvaldība). 2 Atrodiet lietotājvārd, kr vēlaties rediģēt, n noklikšķiniet z rediģēšanas ikonas. 3 Dialoglodziņā Create New User (Izveidot jan lietotāj) noklikšķiniet z Delete User (Dzēst lietotāj). Pēc lietotāja dzēšanas vairs nav iespējams izveidot kont ar tād paš nosakm. 4 Kad zvedne piedāvā dzēst lietotāj, noklikšķiniet z Delete (Dzēst). Sistēmas iestatījmi Sistēmas iestatījmi ir globālie parametri lietotāj drošībai n atomatizētai dat ztrēšanai. Lietotāja drošības iestatījmos ietilpst paroles derīgma termiņš, maksimālie pieteikšanās mēģinājmi n dīkstāves noildzes ilgms. Dat ztrēšanas iestatījmos ietilpst neaktīvo izpildes mapj tīrīšana n dat bāzes dblēšanas biežma iestatīšana, kā arī komanda tūlītējai dat bāzes dblēšanai. 45

51 Iestatiet Windows operētājsistēmas analīzes pakalpojm n darba pakalpojm konts, ja izvades izpildes mape atrodas tīkla ceļā. Noklsējms ir vietējās sistēmas konts. Sistēmas iestatījm lap var apskatīt tikai lietotājs ar administratora tiesībām. PIEZĪME Atkarībā no ekrāna lielma, krā skatāt programmatūr, izvēlne Tools (Rīki) var būt saspiesta zem izvēlnes agšējā kreisajā stūrī. Sistēmas drošības iestatījm norādīšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z izvēlnes System Settings (Sistēmas iestatījmi). 2 Noklikšķiniet z cilnes Secrity (Drošība). 3 Norādiet dien skait pirms paroles derīgma termiņa beigām n tās atiestatīšan. 4 Norādiet dien skait pirms paroles termiņa beigām, kad lietotājam tiek atgādināts tās paroles atiestatīšan. 5 Norādiet maksimālo nederīgo pieteikšanās akreditācijas dat ievades mēģinājm skait pirms lietotājs tiek izslēgts no sistēmas. 6 Norādiet, cik minūtes sistēma var palikt dīkstāvē pirms lietotājs tiek atomātiski izrakstīts no sistēmas. 7 Noklikšķiniet z Save (Saglabāt). Sistēmas ztrēšanas iestatījm norādīšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z izvēlnes System Settings (Sistēmas iestatījmi). 2 Noklikšķiniet z cilnes Maintenance (Apkope). 3 Lai iespējot neaktīv mapj atomātisko noņemšan, atzīmējiet izvēles rūtiņ Enable Atomatic Deletion (Iespējot atomātisko dzēšan). Ja šī izvēles rūtiņa ir iespējota, sistēma pēc noteiktā laika dzēš neaktīvas mapes no instrmenta noklsējma analīž mapes. 4 Ja ir atzīmēta izvēles rūtiņa Iespējot atomātisko dzēšan, norādiet neaktivitātes dien skait, pēc kā tiek aktivizēta atomātiskās dzēšanas komanda. 5 Lai norādīt dat bāzes dblējma viet, ievadiet vēlamo ceļ z dblējma atrašanās viet. Lai atjanot dblēt dat bāzi, sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. 6 Lakā Dblēšanas periods ievadiet ilgm dienās starp katr dblējm. 7 Lai izveidot tūlītēj dblējm, noklikšķiniet z Backp Now (Dblēt tūlīt). 8 Noklikšķiniet z Save (Saglabāt). Sistēmas pakalpojm kont iestatījm norādīšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z izvēlnes System Settings (Sistēmas iestatījmi). 2 Noklikšķiniet z cilnes Service Acconts (Pakalpojm konti). 46

52 3 Lai iespējot Windows analīzes pakalpojm n darba pakalpojm konts, atlasiet Windows Accont (Windows konts). Pārliecinieties, ka jūs ievadītajam pakalpojm kontam ir atļaja lasīt n rakstīt dats izvades izpildes mapē. 4 Lakā User Name (Lietotājvārds) ievadiet lietotājvārd. Ja instrmentā darbojas operētājsistēma Windows 10 ar vietēj kont, iekļajiet lietotājvārdā rakstzīmes.\ (piem.,.\lietotajvards). Lai norādīt domēna lietotāj, iekļajiet lietotājvārdā domēna nosakm n pēc tam atpakaļvērsto slīpsvītr (piem., domens\lietotajvards). 5 Lakā Password (Parole) ievadiet paroli. Operētājsistēmā Windows 10 ik pēc 180 dienām jāmaina Windows parole. Noteikti nomainiet programmatūrā Local Rn Manager saglabāto Windows konta paroli, lai tā atbilst operētājsistēmas Windows parolei. 6 Noklikšķiniet z Save (Saglabāt). Modļa iestatījmi Lapas Modle Settings (Modļa iestatījmi) kreisajā navigācijas panelī ir pieejams instalēto analīž modļ saraksts. Katras analīzes modļa nosakms atver lap, krā norādīta modļa versija n datms, kad tā pēdējoreiz modificēta. Ja modļiem ir nepieciešams manifests, pievienojiet manifesta fails modļiem, lai tie būt pieejami visām izpildēm. Nepieciešamas administratora līmeņa atļajas. 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z Modle Settings (Modļa iestatījmi). PIEZĪME Atkarībā no tā ekrāna lielma, krā skatāt programmatūr, izvēlne Tools (Rīki) var būt paslēpta izvēlnē agšējā kreisajā stūrī. 2 Kreisajā navigācijas panelī noklikšķiniet z modļa nosakma. 3 Noklikšķiniet z Add Manifest(s) (Pievienot manifests). 4 Pārejiet z manifesta fail, atlasiet manifest, kr vēlaties pievienot, n noklikšķiniet z Open (Atvērt). Aditācijas pieraksti Aditācijas pieraksti reģistrē informācij par konkrētām darbībām, piemēram, lietotāja piekļvi, lietotāja profila izmaiņām, kā arī sistēmas, izpildes vai analīzes parametr izmaiņām. Katrs aditācijas pieraksta ieraksts satr tālāk norādīto informācij: Kad attēlots kā datms GGGG-MM-DD n laiks 24 stnd laika formātā. Krš attēlots kā darbīb zsākšā lietotāja vārds. Kas īss, iepriekš definēts veiktās darbības apraksts. Ietekmētais vienms attēlots kā 4 ietekmēto vienm kategorijas: Lietotājs (User), Izpilde (Rn), Analīze (Analysis) vai Sistēma (System). Lai kārtot aditācijas pierakst sarakst, noklikšķiniet z jebkras kolonnas virsraksta, lai kārtot agošā vai dilstošā secībā. 47

53 Lap Aditācijas pieraksti var skatīt tikai lietotājs ar administratora tiesībām. PIEZĪME Atkarībā no tā ekrāna lielma, krā skatāt programmatūr, izvēlne Tools (Rīki) var būt paslēpta izvēlnē agšējā kreisajā stūrī. Aditācijas pierakst filtrēšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki ) n pēc tam noklikšķiniet z Adit Trails (Aditācijas pieraksti). 2 Lapā Adit Trails (Aditācijas pieraksti) noklikšķiniet z filtrēšanas ikonas. Piezīme Varat lietot filtrs iepriekš filtrētiem rezltātiem, lai vēl vairāk precizēt sarakst. Lai filtr lietot visai aditācijas pierakst dat bāzei, pirms trpināt, notīriet iepriekšējos filtrs. Filtrēšana pēc datma 1 Noklikšķiniet z kalendāra ikonas n atlasiet datm From (No). 2 Noklikšķiniet z kalendāra ikonas n atlasiet datm To (Līdz). 3 Noklikšķiniet z Filter (Filtrēt). Filtrēšana pēc lietotājvārda 1 Lakā Who (Krš) ievadiet lietotāja vārd. Jūs varat ievadīt jebkr lietotāja vārda daļ. Zvaigznītes (*) nav nepieciešamas. 2 Noklikšķiniet z Filter (Filtrēt). Filtrēšana pēc darbības 1 Lakā What (Kas) ievadiet darbības aprakst. Jūs varat ievadīt jebkād darbības apraksta daļ. Zvaigznītes (*) nav nepieciešamas. 2 Noklikšķiniet z Filter (Filtrēt). Filtrēšana pēc ietekmētā vienma apraksta 1 Teksta lakā Affected Item (Ietekmētais vienms) ievadiet jebkr ietekmētā vienma apraksta daļ. Apraksts var būt, piemēram, izpildes nosakms, lietotāja vārds, analīzes modļa nosakms vai pārskata nosakms. Jūs varat ievadīt jebkr apraksta daļ. Zvaigznītes (*) nav nepieciešamas. 2 Noklikšķiniet z Filter (Filtrēt). Filtrēšana pēc ietekmētā vienma kategorijas 1 Lai filtrēt pēc ietekmēta vienma kategorijas, noklikšķiniet z kategorijas ikonas lakā Affected Item (Ietekmētais vienms) n atlasiet kād no tālāk norādītajām opcijām. User (Lietotājs) filtrē sarakst, lai parādīt lietotāja darbības n lietotāja atentifikācijas darbības. 48

54 Rn (Izpilde) filtrē sarakst, lai parādīt izmaiņas izpildes parametriem vai izpildes statsam Analysis (Analīze) filtrē sarakst, lai parādīt izmaiņas analīž parametros vai analīž statsā. System (Sistēma) filtrē sarakst, lai parādīt darbības sistēmas līmenī, piemēram, fail agšpielādi, sistēmas ztrēšan vai drošības iestatījms. 2 Noklikšķiniet z Filter (Filtrēt). Aditācijas pierakst eksportēšana 1 Informācijas paneļa navigācijas joslā noklikšķiniet z izvēlnes Tools (Rīki) n pēc tam noklikšķiniet z Adit Trails (Aditācijas pieraksti). 2 Lapā Adit Trails (Aditācijas pieraksti) noklikšķiniet z filtrēšanas ikonas. 3 Piemērojiet vēlamos filtrs. 4 Noklikšķiniet z eksportēšanas ikonas. Programmatūra ģenerē pārskat PDF faila formātā, krā ietverts lietotāja vārds, eksportēšanas datms n filtra parametri. Aditācijas pierakst ikonas Ekrānā Adit Trails (Aditācijas pieraksti) tiek izmantotas tālāk norādītās ikonas. Ikona Nosakms Apraksts Analīze Izpilde Sistēma Lietotājs Norāda izmaiņas analīzes parametros vai analīzes stats. Norāda izmaiņas izpildes parametros vai izpildes statsā. Norāda izmaiņas modļa iestatījmos vai sistēmas iestatījmos. Norāda lietotāja darbīb vai lietotāja atentifikācijas darbīb. 49

55 B. pielikms Tracējmmeklēšana Ievads 50 Sistēmas pārbade 50 Fail tracējmmeklēšana 52 Atomātiskās pārbades kļūd novēršana 53 Izlietoto reaģent tvertne ir pilna 54 RAID kļūdas ziņojms 54 Tīkla krātves kļūda 55 Sistēmas iestatījm konfigrēšana 55 Ievads Apstrādes vai veiktspējas problēm gadījmā, sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Skatiet sadaļ Tehniskā palīdzība 70. lpp. Sistēmas pārbade Normālai instrmenta darbībai n ztrēšanai nav nepieciešama sistēmas pārbade. Tomēr Illmina tehniskā atbalsta dienesta pārstāvis var lūgt jūs veikt sistēmas pārbadi problēm novēršanas nolūkos. PIEZĪME Ja instrment nepieciešams izmazgāt, izpildiet mazgāšanas procedūr pirms veicat sistēmas pārbadi. Sistēmas pārbades zsākšana atomātiski aizver vadības programmatūr n palaiž NextSeq 550Dx pakalpojm programmatūr (NSS). Tiek palaista pakalpojm programmatūra n atvērts Load (Ielādes) ekrāns, kas ir konfigrēts paplašinātām ielādes iespējām. 22. attēls. Pieejamās sistēmas pārbades Ar neaktīvajām izvēles rūtiņām izvēles ekrānā tiek norādītas pārbades, kr izpildīšanai nepieciešama Illmina speciālista palīdzība. Sistēmas pārbades veikšana 1 Ekrānā Manage Instrment (Instrmenta pārvaldība) atlasiet System Check (Sistēmas pārbade). Kad tiek parādīta zvedne ar norādi aizvērt programmatūr NOS, atlasiet Yes (Jā). 50

56 2 Ievietojiet palīgmateriāls, kā norādīts tālāk. a b c d Ja izmantojama plūsmas šūna vēl nav z instrmenta, novietojiet izmantojam plūsmas šūn. Iztkšojiet izlietoto reaģent tvertni n ievietojiet to atpakaļ instrmentā. Bfera mazgāšanas kasetnes centrālajā rezervārā iepildiet 120 ml laboratorijas klases ūdens n ievietojiet kasetni. Ievietojiet reaģent mazgāšanas kasetni. Pārliecinieties, ka reaģenta mazgāšanas kasetne ir tkša n tīra. 3 Atlasiet Ievietot. Programmatūra pārvieto plūsmas šūn n reaģenta mazgāšanas kasetni tām paredzētajā vietā. Atlasiet Next (Tālāk). 4 Atlasiet Next (Tālāk). Tiek sākta sistēmas pārbade. 5 [Neobligāti] Kad sistēmas pārbade ir pabeigta, atlasiet View (Skatīt) blaks pārbades nosakmam, lai skatīt ar katr pārbadi saistītās vērtības. 6 Atlasiet Next (Tālāk). Tiek atvērts sistēmas pārbades ziņojms. 7 Atlasiet Save (Saglabāt), lai saglabāt ziņojm tilpfailā. Pārejiet z tīkla atrašanās viet, lai saglabāt fail. 8 Kad darbība ir pabeigta, atlasiet Exit (Iziet). 9 Kad tiek parādīta zvedne ar norādi aizvērt apkopes programmatūr n restartēt programmatūr NOS, atlasiet Yes (Jā). Vadības programmatūra tiek restartēta atomātiski. Kstības pārbades Sistēmas pārbade BSM FCLM & FAM (FCLM n FAM) Stage Tests (Posm testi) Apraksts Pārbada bfera padeves mehānisma (Bffer Straw Mechanism BSM) pastiprinājm n attālm, lai pārliecinātos, ka modlis darbojas pareizi. Pārbada plūsmas šūnas ievietošanas mehānisma (Flow Cell Load Mechanism FCLM) n šķidrma atomatizācijas modļa (Flid Atomation Modle FAM) gvm n attālm, lai pārliecinātos, ka modļi darbojas pareizi. Pārbada posma XY n seš posm Z kstības ierobežojms n veiktspēj (pa vienam posmam katrai kamerai). Optikas pārbade Sistēmas pārbade Flow Cell Registration (Plūsmas šūnas reģistrācija) Apraksts Veic plūsmas šūnas slīpma mērījm optiskajā plaknē, pārbada kameras fnkcionalitāti n attēlveidošanas modli, kā arī pārbada plūsmas šūnas reģistrācij atbilstošajā attēlveidošanas pozīcijā. 51

57 Šķidrm pārbades Sistēmas pārbade Valve Response (Vārsta reakcija) Pressre Decay (Spiediena samazināšanās) Flow Rate (Plūsmas ātrms) Apraksts Pārbada vārsta n sūkņa kstīb precizitāti n sūkņa šļirces kstības diapazon. Pārbada hermētiskas šķidrm sistēmas noplūdes ātrm, kas apstiprina, ka plūsmas šūna ir pareizi zstādīta sekvencēšanas stāvoklī. Pārbada brbļ sensor darbīb, krs izmanto gaisa klātbūtnes noteikšanai reaģent līnijās. Mēra plūsmas ātrm, lai pārbadīt, vai nav aizsprostojm vai noplūž. Termopārbades Sistēmas pārbade Fans (Ventilatori) Thermal Probes (Termozondes) Apraksts Pārbada sistēmas ventilator ātrm implsos minūtē (plse per minte PPM), lai pārliecinātos, ka tie darbojas. Ventilatori, kas nedarbojas, zrāda negatīv vērtīb. Pārbada katra termosensora vidējo temperatūr. Termosensori, kas nedarbojas, zrāda negatīv vērtīb. Fail tracējmmeklēšana Lai novērst problēmas, Illmina tehniskā atbalsta dienesta pārstāvis var pieprasīt attiecīgās izpildes vai skenēšanas procedūras fail kopijas. Parasti problēm novēršanai tiek izmantoti šādi faili. Tracējmmeklēšanas faili sekvencēšanas izpildēm Atslēgas fails Mape Apraksts Izpildes informācijas fails (RnInfo.xml) Izpildes parametr fails (RnParameters.xml) RTA konfigrācijas fails (RTAConfigration.xml) Saknes mape Saknes mape Saknes mape Satr šo informācij: izpildes nosakms; cikl skaits izpildē; cikl skaits katrā nolasījmā; informācija, vai nolasījms ir indeksēts; vāl n element skaits plūsmas šūnā. Satr informācij par izpildes parametriem n izpildes komponentiem. Šī informācija ietver RFID birk, sērijas nmr, daļas nmr n derīgma termiņ. Satr izpildes RTA konfigrācijas iestatījms. Fails RTAConfigration.xml tiek izveidots izpildes sākmā. InterOp faili (*.bin) InterOp Bināri pārskata faili. InterOp faili tiek atjanināti visas izpildes garmā. Žrnālfaili Žrnāli Žrnālfailos ir aprakstītas visas instrmenta darbības katrā ciklā, kā arī zskaitītas programmatūras n programmaparatūras versijas, kras tiek izmantotas izpildes laikā. Failā ar nosakm [InstrmentName]_ CrrentHardware.csv ir zskaitīti instrmenta komponent sērijas nmri. Kļūd žrnālfaili (*ErrorLog*.txt) Globālie žrnālfaili (*GlobalLog*.tsv) Josl žrnālfaili (*LaneLog*.txt) RTA žrnāli RTA žrnāli RTA žrnāli RTA kļūd žrnāls. Kļūd žrnālfaili tiek atjanināti ikreiz, kad rodas kļūda. Vis RTA notikm žrnāls. Globālie žrnālfaili tiek atjanināti visas izpildes garmā. Žrnāla RTA apstrādes notikmi. Josl žrnālfaili tiek atjanināti visas izpildes garmā. 52

58 RTA kļūdas Lai novērst RTA kļūdas, vispirms pārbadiet RTA kļūd žrnāl, kas tiek saglabāts mapē RTALogs. Šis fails nav pieejams veiksmīgām izpildes darbībām. Ziņojot par problēmām Illmina tehniskā atbalsta dienestam, iekļajiet ziņojmā kļūd žrnāl. Atomātiskās pārbades kļūd novēršana Ja atomātiskās pārbades laikā rodas kļūdas, kļūdas novēršanai izpildiet tālāk norādītās ieteicamās darbības. Sekvencēšanas izpilž pārbades Ja pārbade pirms izpildes zsākšanas neizdodas, reaģent kasetnes RFID raidītājs netiek bloķēts n to ir iespējams izmantot nākamajā izpildē. Tomēr RFID raidītājs tiek bloķēts pēc tam, kad ir cardrtas folijas plombas. Sistēmas pārbades Doors Closed (Drvj aizvēršana) Consmables Loaded (Izejmateriāl ievietošana) Nepieciešamā programmatūra Instrment Disk Space (Vieta instrmenta diskā) Network Connection (Tīkla savienojms) Network Disk Space (Vieta tīkla diskā) Ieteicamā rīcība Pārliecinieties, ka nodalījma drvis ir aizvērtas. Izejmateriāl sensori nereģistrē ievietotos materiāls. Pārliecinieties, ka visi izejmateriāli ir atbilstoši ievietoti. Izpildes iestatījm ekrānos atlasiet Back (Atpakaļ), lai atgrieztos pie ielādes soļa n veiciet izpildes iestatījm ievadi atkārtoti. Trūkst būtisk programmatūras komponent. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Instrmenta cietajā diskā nav pietiekami dadz diska vietas, lai veikt izpildi. Iespējams, ka nav pārsūtīti iepriekšējās izpildes dati. Iztīriet izpildes dats no instrmenta cietā diska. Tīkla savienojms ir pārtrakts. Pārbadiet tīkla stats n fizisko tīkla savienojm. Tīkla serveris ir pilns. Temperatūra Temperatre (Temperatūra) Temperatre Sensors (Temperatūras sensori) Fans (Ventilatori) Ieteicamā rīcība Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. 53

59 Attēlveidošanas sistēma Imaging Limits (Attēlveidošanas ierobežojmi) Z Steps-and-Settle (Z veicamie soļi n risinājms) Bit Error Rate (Bit kļūd īpatsvars) Flow Cell Registration (Plūsmas šūnas reģistrācija) Ieteicamā rīcība Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Iespējams, ka plūsmas šūna nav pareizi novietota. Izpildes iestatījm ekrānos atlasiet Back (Atpakaļ), lai atgrieztos pie plūsmas šūnas soļa. Tiek atvērtās attēlveidošanas nodalījma drvis. Izņemiet n ielieciet atpakaļ plūsmas šūn, lai pārliecinātos, ka tā ir pareizi ievietota. Reaģenta ievietošana Valve Response (Vārsta reakcija) Pmp (Sūknis) Bffer Mechanism (Bfera mehānisms) Spent Reagents Empty (Iztkšot izlietoto reaģent tvertni) Ieteicamā rīcība Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Sazinieties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Iztkšojiet izlietoto reaģent tvertni n ievietojiet tkšo tvertni atpakaļ. Izlietoto reaģent tvertne ir pilna Vienmēr zsāciet izpildi ar tkš izlietoto reaģent tvertni. Ja sākat izpildi, neiztkšojot izlietoto reaģent tvertni, sistēmas sensori aktivizē programmatūr, lai aptrēt darbīb, kad tvertne ir pilna. Sistēmas sensori nevar pārtrakt darbīb klaster veidošanas, pārot gal atkārtotas sintezēšanas vai atomātiskas mazgāšanas pēcizpildes laikā. Kad darbība tiek pārtrakta, tiek atvērts dialoglodziņš ar iespējām pacelt carles n iztkšot piln tvertni. Iztkšot izlietoto reaģent tvertni 1 Atlasiet Raise Sippers (Pacelt slīdņs). 2 Izņemiet izlietoto reaģent tvertni n atbilstošā veidā atbrīvojieties no tās satra. 3 Ievietojiet iztkšoto tvertni atkaļ bfera nodalījmā. 4 Atlasiet Contine (Trpināt). Izpilde tiek atomātiski atsākta. RAID kļūdas ziņojms NextSeq 550Dx dators ir aprīkots ar četriem cietajiem diskiem: divi no tiem ir paredzēti diagnostikas režīmam, divi izpētes režīmam. Ja cietais disks pārstāj darboties, sistēmā tiek ģenerēts RAID kļūdas ziņojms ar norādi sazināties ar Illmina tehniskā atbalsta dienest. Parasti ir nepieciešama cietā diska nomaiņa. 54

60 Varat trpināt izpildes iestatīšan n normāl darbīb. Šis ziņojms tiek parādīts, lai varēt laiks ieplānot apkopi n novērst instrmenta dīkstāvi. RAID brīdinājm var apstiprināt tikai administrators. Ja izmantojat instrment ar tikai vien cieto disk, dati var tikt zadēti. Tīkla krātves kļūda Tīkla krātves kļūdas rodas tālāk norādīto iemesl dēļ. Izvades mapē nepietiek krātves vietas palieliniet krātves ierīcē pieejamo viet vai pārvietojiet izvades mapi z atrašanās viet, kr pietiek krātves vietas. Nevar izveidot savienojm ar tīkla krātvi pārbadiet ceļ z izvades mapi. Skatiet sadaļ Noklsējma izvades mapes iestatīšana 20. lpp. Sistēmai nav atļajas rakstīt dats tīkla krātvē sazinieties ar sav IT administrator, lai pārbadīt atļajas. Windows kontam instrmenta operētājsistēmā ir nepieciešama atļaja lasīt n rakstīt dats izvades mapē. Arī Windows kontam programmatūrā Local Rn Manager ir nepieciešama atļaja lasīt n rakstīt dats izvades mapē. Skatiet sadaļ Sistēmas pakalpojm kont iestatījm norādīšana 46. lpp. Sistēmas iestatījm konfigrēšana Sistēma tiek konfigrēta instalēšanas laikā. Tomēr, ja nepieciešamas izmaiņas vai sistēma ir jāpārkonfigrē, izmantojiet sistēmas konfigrācijas opcijas. Sistēmas konfigrācijas opcijām ir atļaja piekļūt tikai Windows administratora kontam. Tīkla konfigrācija piedāvā IP adreses iestatījm, domēna nosakma servera (DNS) adreses, datora nosakma n domēna nosakma opcijas. Tīkla konfigrācijas iestatīšana 1 Ekrānā Pārvaldīt instrment atlasiet System Configration (Sistēmas konfigrācija). 2 Atlasiet Obtain an IP address atomatically (Atomātiski iegūt IP adresi), lai iegūt IP adresi, izmantojot DHCP serveri. PIEZĪME Dinamiskais resrsdatora konfigrācijas protokols (DHCP) ir standarta tīkla protokols, ko IP tīklos izmanto tīkla konfigrācijas parametr dinamiskai izplatīšanai. Varat arī atlasīt Use the following IP address (Izmantot šo IP adresi), lai trpmāk aprakstītajā veidā manāli savienot instrment ar cit serveri. Sazinieties ar tīkla administrator, lai zzināt jūs objekta konkrētās adreses. Ievadiet IP adresi. IP adrese ir sērija no 4 nmriem, kas ir atdalīti ar pnktiem, līdzīga, piemēram, šai: Ievadiet apakštīkla mask, kas ir IP tīkla apakšnodalījms. Ievadiet noklsējma vārtej maršrtētāj tīklā, kas savieno ar internet. 3 Atlasiet Obtain a DNS server address atomatically (Atomātiski iegūt DND servera adresi), lai savienot instrment ar domēna nosakma serveri, kas saistīts ar IP adresi. Varat arī atlasīt Use the following DNS server addresses (Izmantot šādas DNS server adrese), lai trpmāk aprakstītajā veidā manāli savienot instrment ar domēna nosakma serveri. Ievadiet vēlamo DNS adresi. DNS adrese ir tā servera nosakms, krš tiek izmantots, lai domēn nosakms pārtlkot z IP adresēm. 55

61 Ievadiet alternatīvo DNS adresi. Alternatīv izmanto, ja vēlamais DNS nevar pārveidot noteikt domēna vārd IP adresē. 4 Atlasiet Save (Saglabāt), lai pāriet z datora ekrān. PIEZĪME Instrmenta datora nosakms tiek piešķirts instrmenta datoram ražošanas laikā. Jebkras datora nosakma izmaiņas var ietekmēt savienojm n prasīt tīkla administratora iejakšanos. 5 Pievienojiet instrmenta dator domēnam vai darba grpai trpmāk aprakstītajā veidā. Instrmentiem, kas savienoti ar internet atlasiet Member of Domain (Domēna dalībnieks) n pēc tam ievadiet domēna nosakm, kas saistīts ar interneta savienojm jūs objektā. Lai mainīt domēn, ir nepieciešams administratora lietotājvārds n parole. Instrmentiem, kas nav savienoti ar internet atlasiet Member of Work Grop (Darba grpas dalībnieks) n pēc tam ievadiet darba grpas nosakm. Darba grpas nosakms ir nikāls jūs objektam. 6 Atlasiet vienm Save (Saglabāt). 56

62 C. pielikms Reāllaika analīze Reāllaika analīzes pārskats 57 Reāllaika analīzes darbplūsma 58 Reāllaika analīzes pārskats NextSeq 550Dx instrments izmanto reāllaika analīzes programmatūras (RTA) papildinājma RTA2 nodrošināto reāllaika analīzi. RTA2 darbojas instrmenta datorā n izgūst no attēliem intensitāti, veic bāz noteikšan n piešķir bāzes noteikšanas vienmam kvalitātes rādītāj. RTA2 n vadības programmatūras saziņa notiek, izmantojot tīmekļa HTTP interfeis n koplietojams atmiņas fails. Ja RTA2 lietošana tiek pārtrakta, apstrāde netiek atsākta n cikla dati netiek saglabāti. RTA2 ievades dati Apstrādei RTA2 ir nepieciešami trpmāk norādītie ievades dati: Element attēli, kas atrodas vietējā sistēmas atmiņā. RnInfo.xml, kas tiek atomātiski ģenerēts izpildes sākmā n nodrošina izpildes nosakm, cikl skait, to, vai lasījmam ir indeksi, kā arī plūsmas šūnā esošo element skait. RTA.exe.config programmatūras konfigrācijas fails XML formātā. RTA2 no vadības programmatūras saņem komandas par RnInfo.xml atrašanās viet n to, vai ir norādīta izvēles izvades mape. RTA2 izvades faili Katra kanāla attēli tiek vadīti atmiņā kā elementi. Elementi ir nelieli attēlveidošanas lakmi plūsmas šūnā, ko kamera definē kā skata lak. No šiem attēliem programmatūra izstrādā izvadi kā kvalitatīvi novērtēt bāz nosakšanas fail n filtr fail kopm. Visi citi faili atbalsta izvades fails. Faila veids Bāz noteikšanas faili Filtrēšanas faili Klaster atrašanās viet faili Bāz noteikšanas rādītāja faili Apraksts Katrs analizētais elements tiek iekļats apkopotā bāzes nosakšanas (*.bcl.bgzf) failā katrai joslai n katram ciklam. Apkopotais bāzes nosakšanas fails satr bāz noteikšanas n katra klastera saistīto kvalitātes rādītāj tā joslā. Katrs elements izstrādā filtra informācij, kas tiek apkopota vienā filtra (*.filter) failā katrai joslai. Filtra failā ir norādīts, vai klasteris iziet filtrs. Klaster atrašanās viet (*.locs) failos ir katra klastera X n Y koordinātas elementā. Veidņ ģenerēšanas laikā katrai joslai tiek ģenerēts klastera atrašanās vietas fails. Katrai joslai tiek izveidots bāzes nosakšanas indeksa (*.bci) fails, lai saglabāt sākotnējo informācij par elementiem. Indeksa failā ir katra elementa vērtīb pāris, kas ir elementa nmrs n šī elementa klaster skaits. RTA2 nodrošina reāllaika izpildes kvalitātes rādītāji, kas tiek glabāti kā InterOp faili. InterOp faili ir bināri izvades faili, kas satr element, cikl n lasījm līmeņa rādītājs. Kļūd novēršana RTA2 izveido žrnālfails n ieraksta tos RTALogs mapē. Kļūdas tiek ierakstītas kļūd failā *.tsv faila formātā. 57

63 Pārstrādes beigās z izvades galamērķi tiek pārsūtīti tālāk norādītie žrnālfaili n kļūd faili: *GlobalLog*.tsv apkopo svarīgs cikla notikms. Fails *LaneNLog*.tsv zskaita apstrādes notikms katrā joslā. *Kļūda*.tsv zskaita kļūdas, kas radšās cikla laikā. *WarningLog*.tsv zskaita brīdinājms, kas radšies cikla laikā. Universal Copy Service Instrmentam NextSeq 550Dx ir niversāls kopēšanas pakalpojms. RTA2 pieprasa pakalpojmam kopēt fails no izcelsmes vietas z mērķa viet, n pakalpojms apstrādā kopēšanas pieprasījms to saņemšanas secībā. Ja notiek izņēmms, faila kopēšana tiek atkārtoti ievietota rindā, pamatojoties z fail skait kopēšanas rindā. Reāllaika analīzes darbplūsma Veidņ ģenerēšana Veido klaster atrašanās viet kartes. Reģistrācija n intensitātes izgūšana Reģistrē katra klastera atrašanās viet plūsmas šūnā n nosaka katra klastera intensitātes vērtīb. Fāzēšanas korekcija Koriģē fāzēšanas n pirmsfāzēšanas ietekmi. Bāz noteikšana Nosaka katra klastera bāzes noteikšanas vienm. Kvalitātes novērtēšana Piešķir kvalitātes rādītāj katram bāz noteikšanas vienmam. Veidnes ģenerēšana Pirmā darbība RTA darbplūsmā ir veidnes ģenerēšana. Šī veidne nosaka katra klastera atrašanās viet elementā, izmantojot koordinātas X n Y. Veidnes ģenerēšanai ir nepieciešami attēla dati no pirmajiem pieciem izpildes cikliem. Kad ir attēlots pēdējais elementa veidnes cikls, tiek ģenerēta veidne. PIEZĪME Lai veidnes ģenerēšanas laikā noteikt klaster, pirmajos piecos ciklos jābūt vismaz vienai bāzei, kas nav G. Attiecībā z jebkr indeksa sekvenci RTA2 darbplūsmai pirmajos divos ciklos ir nepieciešama vismaz viena bāze, kas nav G. Veidni izmanto kā atsaci nākamajai darbībai, kad veic reģistrācij n iegūst intensitāti. Klastera pozīcijas visai plūsmas šūnai tiek ierakstītas klastera atrašanās vietas (*.locs) failos pa vienam failam katrai joslai. Reģistrācija n intensitātes izgūšana Reģistrācija n intensitātes izgūšana sākas pēc veidnes ģenerēšanas. Reģistrācija saskaņo ar veidni katrā nākamajā attēlveidošanas ciklā izstrādātos attēls. Intensitātes izgūšana nosaka intensitātes vērtīb katram veidnes klasterim attiecībā z konkrēt attēl. Ja neviena cikla attēla reģistrācija neizdodas, attiecīgajā ciklā šim elementam netiek ģenerētas bāz nosakšanas. 58

64 Fāzēšanas korekcija Sekvences reakcijas laikā katra klasterī esošā DNS virkne tiek paplašināta par 1 bāzi katrā ciklā. Fāzēšana n pirmsfāzēšana notiek tad, kad virkne ar pašreizējo iekļašanas cikl nonāk ārps fāzes. Fāzēšana notiek, kad bāze atpaliek. Pirmsfāzēšana tiek veikta, kad bāze ir soli priekšā. 23. attēls. Fāzēšana n pirmsfāzēšana A B Lasījms ar bāzi, kam tiek veikta fāzēšana. Lasījms ar bāzi, kam tiek veikta pirmsfāzēšana. RTA2 labo fāzēšanas n pirmsfāzēšanas sekas, kas katrā ciklā visa cikla laikā maksimāli palielina dat kvalitāti. Bāz noteikšana Bāz noteikšanas fnkcija nosaka bāzi (A, C, G vai T) katram noteikta elementa klasteram konkrētā ciklā. NextSeq 550Dx instrmentā tiek izmantota divkanāl sekvencēšana, krai četr DNS bāz dat iekodēšanai ir nepieciešami tikai 2 attēli 1 no sarkanā kanāla n 1 no zaļā kanāla. Izgūstot intensitāti no attēla n salīdzinot to ar cit attēl, tiek iegūtas 4 atšķirīgas poplācijas, kas katra atbilst kādam nkleotīdam. Bāz nosakšanas process nosaka, krai poplācijai pieder katrs klasteris. 24. attēls. Klaster intensitātes vizalizēšana 59

65 1. tabla Bāz nosakšana divkanāl sekvencēšanā Bāze Sarkanais kanāls Zaļais kanāls Rezltāts A 1 (ieslēgts) 1 (ieslēgts) Klasteri, kas zrāda intensitāti gan sarkanajā, gan zaļajā kanālā. C 1 (ieslēgts) 0 (izslēgts) Klasteri, kas zrāda intensitāti tikai sarkanajā kanālā. G 0 (izslēgts) 0 (izslēgts) Klasteri, kas nezrāda intensitāti zināmā klastera atrašanās vietā. T 0 (izslēgts) 1 (ieslēgts) Klasteri, kas zrāda intensitāti tikai zaļajā kanālā. Klaster carlaides filtrs Cikla laikā RTA2 filtrē neapstrādātos dats, lai noņemt lasījms, kas neatbilst dat kvalitātes slieksnim. Tiek noņemti klasteri, kas pārklājas, n zemas kvalitātes klasteri. Lai noteikt bāz noteikšanas precizitāti, 2 kanāl analīzei RTA2 izmanto z poplācij bāzēt sistēm. Klasteri tiek izlaisti car filtr, ja pirmo 25 cikl laikā ne vairāk kā vienam bāzes noteikšanas gadījmam tīrība ir zemāka nekā 0,63. Klasteriem, kas netiek izlaisti car filtr, bāzes netiek noteiktas. Indeksēšanas apsvērmi Bāz noteikšanas indeksa nolasīšanas process atšķiras no bāz noteikšanas cit nolasīšan laikā. Indeksa nolasīšanai ir jāsākas ar vismaz 1 bāzi, kas nav G, kādā no pirmajiem 2 cikliem. Ja indeksa nolasīšana sākas ar 2 bāzes noteikšanas gadījmiem bāzei G, netiek ģenerēta nekāda signāla intensitāte. Lai nodrošināt demltipleksēšanas veiktspēj, kādā no pirmajiem 2 cikliem ir jābūt signālam. Lai palielināt demltipleksēšanas notrīb, katram indeksam atlasiet indeksa sekvences, kas nodrošina signāl vismaz 1 kanālā, vēlams abos kanālos. Ievērojot šo vadlīnij, var novērst indeks kombinācijas, kr rezltātā ciklā tiek iegūtas tikai G bāzes. Sarkanais kanāls A vai C Zaļais kanāls A vai T Šis bāz noteikšanas process nodrošina precizitāti, analizējot parags ar zem pleksa skaitli. Kvalitātes novērtēšana Kvalitātes rādītājs jeb Q rādītājs ir kļūdainas bāz noteikšanas iespējamības prognoze. Lielāks kvalitātes rādītājs nozīmē, ka bāz noteikšanai ir agstāka kvalitāte, n tā, visticamāk, ir pareiza. Kvalitātes rādītājs ir kompakts veids, kā paziņot neliel kļūd varbūtīb. Kvalitātes rādītājs tiek apzīmēts ar Q(X), kr X apzīmē rezltāt. Nākamā tabla parāda saistīb starp kvalitātes rādītāj n kļūdas varbūtīb. Kvalitātes rādītājs Q(X) Kļūdas varbūtība Q40 0,0001 (1 no ) Q30 0,001 (1 no 1000) Q20 0,01 (1 no 100) Q10 0,1 (1 no 10) 60

66 PIEZĪME Kvalitātes novērtēšana balstās z Phred algoritma modificēto versij. Kvalitātes novērtēšanas laikā tiek aprēķināta paredzamo vērtīb kopa katrai bāzes noteikšanai n pēc tam paredzētās vērtības tiek izmantotas, lai meklēt kvalitātes rādītāj kvalitātes tablā. Kvalitātes tablas ir izveidotas, lai nodrošināt optimāli precīzas kvalitātes prognozes cikliem, ko rada noteikta sekvencēšanas platformas konfigrācija n ķīmijas versija. Pēc kvalitātes rādītāja noteikšanas rezltāti tiek reģistrēti bāz noteikšanas (*.bcl.bgzf) failos. 61

67 D. pielikms Izvades faili n mapes Sekvencēšanas izvades faili 62 Izvades mapes strktūra 65 Sekvencēšanas izvades faili Faila veids Bāz noteikšanas faili Bāz noteikšanas rādītāja fails Klaster atrašanās viet faili Filtrēšanas faili InterOp faili RTA konfigrācijas fails Cikla informācijas fails Faila apraksts, atrašanās vieta n nosakms Katrs analizētais elements tiek iekļats bāz noteikšanas failā, izveidojot 1 fail katrai joslai, katrā ciklā. Kopsavilkma fails satr bāz noteikšanas n katra šīs joslas klastera iekodēto kvalitātes rādītāj. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] faili tiek saglabāti, izveidojot vien fail katrai joslai. [Cikls].bcl.bgzf, kr [cikls] ir cikla nmrs, kas sastāv no 4 cipariem. Bāz noteikšanas faili tiek saspiesti, izmantojot bloka gzip saspiešan. Šajos binārajos failos, katrai joslai, kas ir elementa nmrs n klaster skaits elementā, tiek iekļata oriģinālā element informācija katra elementa vērtīb pāros. Bāz noteikšanas rādītāja faili tiek izveidoti pirmajā reizē, kad attiecīgajai joslai tiek izveidots bāz noteikšanas fails. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] faili tiek saglabāti, izveidojot vien fail katrai joslai. s_[lane].bci Vienā klaster atrašanās vietas failā ir apkopotas X, Y koordinātas katram plūsmas elementam, katrā joslā. Klaster atrašanās vietas faili ir veidņ ģenerēšanas rezltāts. Data\Intensities\L00[X] faili tiek saglabāti, izveidojot vien fail katrai joslai. s_[lane].locs Filtrēšanas faili nosaka to, vai klasteri ir izlaisti cari filtram. Katrai joslai tiek izveidots n nolasīts viens filtrēšanas informācijas apkopojma fails. Filtrēšanas faili tiek izveidoti 26. cikla laikā, izmantojot 25 cikl dats. Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] faili tiek saglabāti, izveidojot vien fail katrai joslai. s_[lane].filter Bināri pārskata faili. InterOp faili tiek atjanināti visas izpildes garmā. InterOp mape Izpildes sākmā izveidotajā RTA konfigrācijas failā ir zskaitīti attiecīgās izpildes iestatījmi. [Saknes direktorijs], RTAConfigration.xml Uzskaita izpildes nosakm, cikl skait katrā lasījmā, vai lasījms ir indeksa lasījms n kop n element skait plūsmas šūnā. Izpildes informācijas fails tiek izveidots izpildes sākmā. [Saknes direktorijs], RnInfo.xml Plūsmas šūnas elementi Elementi ir nelieli attēlveidošanas lakmi plūsmas šūnā, ko kamera definē kā skata lak. Kopējais element skaits ir atkarīgs no josl, vāl n virsm skaita, kas attēloti z plūsmas šūnas, n no tā, kā kameras darbojas kopā, lai apkopot attēls. Agstas izvades plūsmas šūnām kopā ir 864 elementi. 2. tabla Plūsmas šūnas elementi Plūsmas šūnas komponents Agsta izvade Apraksts Joslas 4 Josla ir fizisks kanāls ar īpašiem ieejas n izejas portiem. Virsmas 2 Plūsmas šūna ir attēlota z 2 virsmām agšējās n apakšējās. Vispirms tiek attēlota viena elementa agšējā virsma, pēc tam šī paša elementa apakšējā virsma, n tad sistēma pāriet z nākamo element. Vāli pa joslām 3 Vāls ir joslā esoš element kolonna. 62

68 Plūsmas šūnas komponents Agsta izvade Apraksts Kameras segmenti 3 Instrments izmanto sešas kameras, lai attēlot plūsmas element trijos segmentos katrā joslā. Element skaits vālā vienā kameras segmentā Kopējais attēloto element skaits Josl nmerācija 12 Elements ir lakms z plūsmas šūnas, ko kamera redz kā vien attēl. 864 Kopējais element skaits ir: joslas virsmas vāli kameras segmenti vāla elementi vienā segmentā. 1. n 3. josla, ko sac par josl pāri A, tiek attēlotas vienlaiks. 2. n 4. josla, ko sac par josl pāri B, tiek attēlotas tad, kad ir pabeigta josl pāra A attēlveidošana. 25. attēls. Josl nmerācija A B Josl pāris A 1. n 3. josla Josl pāris B 2. n 4. josla Vāl nmerācija Redzamajā attēlā katrai joslai ir trīs vāli. Agstas izvades plūsmas šūnām vāli ir nmrēti no 1 līdz attēls. Vāl nmerācija Kamer nmerācija Plūsmas šūnas attēlveidošanai NextSeq 550Dx instrments izmanto 6 kameras. Kameras ir nmrētas ar cipariem kamera tiek izmantota 1. joslas attēlveidošanai kamera tiek izmantota 3. joslas attēlveidošanai. Pēc tam, kad ir izveidoti 1. n 3. joslas attēli, attēlveidošanas modlis pārvietojas z X asi, lai izveidot 2. n 4. joslas attēls. 63

69 27. attēls. Kameras n segment nmerācija (attēlota agstas izvades plūsmas šūna) Element nmerācija Katra kameras segmenta rindā ir 12 elementi. Elementi ir nmrēti no 01 līdz 12 neatkarīgi no rindas nmra vai kameras segmenta, n tos attēlo ar 2 cipariem. 28. attēls. Element nmerācija Pilnajā elementa nmrā ir 5 cipari, kas trpmāk norādītajā veidā apzīmē atrašanās viet. Virsma 1 apzīmē agšējo virsm; 2 apzīmē apakšējo virsm Rinda 1, 2 vai 3 Kamera 1, 2, 3, 4, 5 vai 6 Elements 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 vai 12 Piemērs: Elementa nmrs norāda z agšējo virsm, 2. rind, 5. kamer n 8. element. Pilns 5 cipar elementa nmrs tiek izmantots sīktēl n empīriskās fāzēšanas fail nosakmos. Papildinformācij skatiet sadaļā Sekvencēšanas izvades faili 62. lpp. 64